使用Multiwfn绘制ELF等值面图的问题

suosuosky

请问老师，我想考察Z分子对X-Y分子间作用（为B...N）的影响，从作用能看：
（1）没有Z分子前，X-Y分子的作用能为-19kcal/mol  （AIM分析BCP处H=-0.04）
（2）加上Z分子后（Z与Y的另外的取代基发生作用），优化构型后计算X..Y的分子间作用为-7kcal/mol。（AIM分析BCP处H=0.0001）

请问sob老师，我的问题是：
1-我想通过ELF等值面图进一步查看。结果如两图所示。我不清楚所作图中B...N的ELF等值面图是否可以反映下面的说法：由于Z分子的作用，使得原来的X...Y的强的具有部分共价性质的作用变成了非共价作用？或者是否还有其他的工具做进一步分析。
2-您之前ppt中关于NH3BF3如图3所示，如何从ELF等值面图中比较清晰的说明分子间作用是否有共价性质？，箭头所指的区域是什么呢？我不清楚分子间的蓝色和原子周围的蓝色如何区分？
谢谢老师！

sobereva

1 ELF图对这点体现得不是特别清楚。绘制密度差图可能明显更能清楚说明问题。另外键级也很值得使用。

2 三个箭头都是标注的1s轨道和价层轨道之间的间隔区域
这个幻灯片里有很多图例可以参考
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239

suosuosky

sobereva 发表于 2019-10-8 07:55
1 ELF图对这点体现得不是特别清楚。绘制密度差图可能明显更能清楚说明问题。另外键级也很值得使用。

2  ...

谢谢老师的回复！

请问老师NH3BF3体系中，ELF图中B和N之间是否算是具有共价性质的作用？
附件的输出文件是ELF图对应的体系结构，理论上B...N之间作用于您给的ELF示例图中作用比较相似，但是我不太会如何从ELF图判断分子间作用的变化。

sobereva

NH3BF3里的B-N是典型的共价作用，只不过是配位键。靠变形密度、BCP的势能密度等方式都能判断这是共价作用。从ELF上也能看出B-N之间是高定域性区域

我不知道你的结构怎么优化的。光是你产生波函数的方式就明显不对，你做B2PLYP双杂化计算如果还直接用fch当做Multiwfn的输入文件的话，实际上分析的是B2LYP波函数（B2PLYP中的杂化泛函部分），根本没法用。
要么用普通泛函产生波函数，要么双杂化泛函计算时加上density，参考此文里说的产生后HF波函数的过程
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

suosuosky

sobereva 发表于 2019-10-10 00:12
NH3BF3里的B-N是典型的共价作用，只不过是配位键。靠变形密度、BCP的势能密度等方式都能判断这是共价作用。 ...

谢谢老师的回复。
1-老师，我在优化构型的时候使用的是B3LYP-D3/6-311+g**水平，前面所列出的波函数分析所使用的wfn文件也是在这个水平上得到的。请问老师在这个水平上得到的wfn文件进行AIM和ELF分析等，精确度可以满足分析要求吗？

2-如果需要在·双杂化泛函的基础上分析，我使用的是G16，是否可以不用加density，我看您的帖子里写“因为程序只要看到out=wfn，就默认用了density关键词。”

3-从上面的ELF图来看，感觉X..Y的B-N之间和您的帖子中NH3-BF3的B-N之间的ELF图很像，不知道我理解的是否正确。是否都可以看做共价作用？而且X...Y的B..N处BCP处H=-0.04。

谢谢老师。

sobereva

suosuosky 发表于 2019-10-10 10:54
谢谢老师的回复。
1-老师，我在优化构型的时候使用的是B3LYP-D3/6-311+g**水平，前面所列出的波函数分析 ...

1 可以

2 可以

3 可以