计算质子化后化合物的能量变化

alexwpch · 发表于 Post on 2014-12-29 10:15:01

一化合物，质子化前scf能量是A,质子化后scf能量是B，（A>B,均已opt), 而H质子本身的scf能量是0。
这表示加了H质子，能量反而降低了？合理吗？还是需要freq以后的能量进行比较？

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-29 10:24:12

和freq无关。
这很合理，质子和电子云存在很强的静电吸引导致体系能量降低，尽管质子和原子核互斥会导致能量升高，但只要质子放的位置合理（不是静电势非常正的区域），能量降低会是主要的。

alexwpch · 发表于 Post on 2014-12-30 13:21:58

sobereva 发表于 2014-12-29 10:24
和freq无关。
这很合理，质子和电子云存在很强的静电吸引导致体系能量降低，尽管质子和原子核互斥会导致能 ...

谢谢，也就说质子化，可能是会得到个热力学更稳定的结构，而不是相对高能的不稳定易发生反应结构。

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-30 14:01:21

虽然结合后能量降低了，但不代表产物不容易反应，这要看质子结合在什么物质上。一个体系结合质子后，反倒可能变得活泼，容易和别的物质发生反应、发生异构化等等。
比如说气相下H+结合到H2O上成为H3O+，标况下反应焓（其负值就是质子亲和能）是-165 kcal/mol，算是降低很多了，但是H3O+依然是个活泼的物质。

liujie125 · 发表于 Post on 2017-10-23 09:25:33

请问1、质子化后的结构也要先进行基态优化，然后再优化S1、T1得到能量吗？如果不进行基态优化呢？
2、质子化是直接在质子化位点直接加氢原子，然后再改电荷吗？
谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-23 15:04:36

liujie125 发表于 2017-10-23 09:25
请问1、质子化后的结构也要先进行基态优化，然后再优化S1、T1得到能量吗？如果不进行基态优化呢？
2 ...

1 意义不明，不知道你为什么要算S1和T1。基态是肯定要优化的

2 是

liujie125 · 发表于 Post on 2017-10-23 18:35:04

sobereva 发表于 2017-10-23 15:04
1 意义不明，不知道你为什么要算S1和T1。基态是肯定要优化的

2 是

谢谢老师。我是想算质子化之前与质子化之后S1与T1能差的变化，我明白老师的意思了

JCh · 发表于 Post on 2019-10-12 11:17:48

老师，我现在在做一个物质的质子化前后能量差，已经做了在隐式溶剂化模型PCM下的能量差，这个值可能并不能真实反映实际能量变化。所以还想试着加几个显式水分子来计算，但是目前的加了显示水分子后，原物质上的质子怎么优化都会加到水分子上去。后面又采取限制性优化固定原物质上的氢原子，但是这样做算出来的质子化前后的能量差明显的不靠谱，只有不到1KCal/mol，与原来在PCM/SMD模型下的结果相差巨大。所以想请教对于质子化能计算有没有什么靠谱的处理方法？

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