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[Material Studio] forcite计算十二胺作用于高岭石和一水硬铝石后矿层跑了是什么原因

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用MS6.0中的forcite模块计算十二胺作用于高岭石和一水硬铝石后矿层跑了是什么原因

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动力学优化后

动力学优化后

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条件参数

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发表于 Post on 2021-9-13 19:30:36 | 只看该作者 Only view this author
因为你用了周期性边界条件,有周期性边界条件时,两个矿层都在底下,和一层在底下、一层在上面,是等价的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-13 21:38:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-13 19:30
因为你用了周期性边界条件,有周期性边界条件时,两个矿层都在底下,和一层在底下、一层在上面,是等价的

谢谢啦,那那个分子跑出盒子外面是什么原因吖

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发表于 Post on 2021-9-14 03:03:59 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“MS forcite 动力学优化高岭石”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2021-9-14 03:05:43 | 只看该作者 Only view this author
rjt 发表于 2021-9-13 21:38
谢谢啦,那那个分子跑出盒子外面是什么原因吖

不同程序都有PBC记录规则,如果你是指第一张图右上角露出一截,大抵是为了保持分子完整性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-14 09:57:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-13 19:30
因为你用了周期性边界条件,有周期性边界条件时,两个矿层都在底下,和一层在底下、一层在上面,是等价的

请问这时候如果我把下面两层都固定再计算,是不是不一样了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 16:39:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 03:05
不同程序都有PBC记录规则,如果你是指第一张图右上角露出一截,大抵是为了保持分子完整性

谢谢啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 16:40:36 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2021-9-14 09:57
请问这时候如果我把下面两层都固定再计算,是不是不一样了。

我调整了矿层距离盒子底端的高度和添加的真空层高度后可以消除那个

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发表于 Post on 2023-9-25 11:28:55 | 只看该作者 Only view this author
能求一个高岭石的力场文件和结构文件吗?

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