求一个GROMACS提交作业的脚本，不知道怎么在服务器提交作业

SunJC

求一个GROMACS提交作业的脚本，不知道怎么在服务器提交作业

hebrewsnabla

问题没头没尾。既没描述用gmx干什么，也不说明是哪个作业提交系统……

如果你已经会用gmx，但是不会用服务器，剩下的问题可以请服务器管理员帮你解决。

FMGwenyanhoon

唔你根据自己的需要自己改8
#!/bin/bash

nt=3

if [ ! -e watergas.gro ]; then
   gmx editconf -f waterbox.gro -o watergas.gro -box 4 4 16
fi

# EM (Energy Minimization)
if [ ! -e em.tpr ]; then
   gmx grompp -f em.mdp -p topol.top -c watergas.gro -o em.tpr
   echo -e "2\n" | gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o KCl_gas.gro -np 130 -nn 130 -pname K -nname CL
   gmx grompp -f em.mdp -c KCl_gas.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
   gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm em
fi

# NVT simulation
if [ ! -e prod.tpr ]; then
   gmx grompp -f prod.mdp -p topol.top -c em.gro -o prod.tpr
   gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm prod
fi

if [ ! -e prod2.tpr ]; then
   gmx grompp -f prod2.mdp -p topol.top -c prod.gro -o prod2.tpr
   gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm prod2
fi

if [ ! -e good.xtc ]; then
   echo -e "0\n" | gmx trjconv -f prod2.xtc -s prod2.tpr -pbc mol -o good.xtc -b 0 -e 200000
   gmx trjconv -f good.xtc -dt 80 -o good-1.xtc
fi

if [ ! -e ion.xvg ]; then
  echo -e "4\n" | gmx density -f prod2.xtc -s prod2.tpr -b 0 -e 200000 -o ion.xvg -dens num -sl 1000 -ng 1
fi