新手请教：不同质子化形式的组氨酸和底物小分子之间的静电相互作用

wangxm

请教各位老师：分别在pH为6和7通过H++对氨基酸残基的质子化形式进行了处理，之后用amber跑了MD，并且做了oniom计算（QM区只有底物小分子），最终模拟出两个pH条件下的紫外可见光谱，光谱有所不同，现象分析pH对光谱的影响。碰到的问题是：QMMM计算后的底物分子周围的氢键网络不同，但是发现因pH改变发生质子化形式改变的氨基酸残基距离底物分子较远（>15A）,且这些氨基酸残基并没有与周围分子形成氢键，故pH对光谱的影响该如何讨论？可以计算这些氨基酸残基与底物小分子之间的静电相互作用吗？如果可以的话，如何去计算呢？