求助，动力学平衡非正常结束。

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-10-18 21:31:45

本帖最后由乐嘻嘻嘻于 2019-11-12 08:33 编辑

老师好，想算了一个模拟平衡结构的任务，log文件没有显示错误信息，A.sge文件显示的如图，是我输入的脚本写错了（但是之前做NPT的时候用的就是这个脚本），还是什么其他原因呢~麻烦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-19 08:23:32

看看轨迹跑的有无异常

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-10-20 13:27:55

本帖最后由乐嘻嘻嘻于 2019-10-20 13:38 编辑

sobereva 发表于 2019-10-19 08:23
看看轨迹跑的有无异常

老师，是这样的，我把tcoupl= nose-hoover ，pcoupl= parrinello-rahman，改成tcoupl= V-rescale，pcoupl= berendsen，就能正常结束了，不知道这两对温度耦合和压力耦合的方法的差异性具体是什么？想要得到MD最后的平衡结构tcoupl= nose-hoover ，pcoupl= parrinello-rahman，又麻烦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-20 19:42:44

乐嘻嘻嘻发表于 2019-10-20 13:27
老师，是这样的，我把tcoupl= nose-hoover ，pcoupl= parrinello-rahman，改成tcoupl= V-rescale，pcoupl ...

强烈不建议用nose-hoover。一律使用V-rescale就完了，是gmx支持的最好的热浴
parrinello-rahman照常用

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