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[GROMACS] gromacs mdrun模拟报错

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楼主
老师您好,我构建了一个包含蛋白质的菱形十二面体的液滴,之前的模拟都没有问题,这次把盒子边长扩大了一倍,然后报错了,请问老师,该如何解决呢?
Program:     gmx mdrun, version 2018.4
Source file: src/gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.cpp (line 101)

Software inconsistency error:
In nbnxn_realloc_void: new size less than copy size

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors


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发表于 Post on 2019-10-16 17:30:23 | 只看该作者 Only view this author
怎么扩的盒子?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-20 12:45:41 | 只看该作者 Only view this author

不好意思才看到,老师,我是在建液滴盒子这一步gmx editconf -f protein.gro -o protein-PBC.gro -c -bt dodecahedron -box 10,把原本的10扩大成20的。谢谢老师回复!

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发表于 Post on 2019-10-20 19:47:52 | 只看该作者 Only view this author
不建议用dodecahedron盒子,破事多

光是直接这么增加盒子尺寸也没意义(除非你后来又填充了溶剂)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 15:10:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-20 19:47
不建议用dodecahedron盒子,破事多

光是直接这么增加盒子尺寸也没意义(除非你后来又填充了溶剂)

老师您好,我用十二面体盒子是因为我想构建的是球形液滴,这个形状比较接近球体,我是添加了溶剂的,所以想问老师还有什么别的解决方法嘛?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-10-21 22:11:43 | 只看该作者 Only view this author
mjluan 发表于 2019-10-21 15:10
老师您好,我用十二面体盒子是因为我想构建的是球形液滴,这个形状比较接近球体,我是添加了溶剂的,所以 ...

球形液滴照样可以用立方盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 10:02:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:11
球形液滴照样可以用立方盒子

非常感谢老师一直解答!!!

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