g_energy分析疑问

向日葵天涯

大家好：
我的体系是一个多肽在水中的体系，我用g_energy进行能量分析，其中有一些选项如下：
41  Coul-14:Protein-Protein             42  LJ-14:Protein-Protein            
43  Coul-SR:Protein-non-Protein         44  LJ-SR:Protein-non-Protein         
45  Coul-14:Protein-non-Protein         46  LJ-14:Protein-non-Protein         
47  Coul-SR:non-Protein-non-Protein     48  LJ-SR:non-Protein-non-Protein     
49  Coul-14:non-Protein-non-Protein     50  LJ-14:non-Protein-non-Protein     
根据分析结果，计算 protein-protein的14不为0是正常的，按道理non-protein-non-protein和protein-non-protein的14应该是0，但是用g_energy计算的non-protein-non-protein和protein-non-protein也不为0， 请问大神这是什么原因，该如何处理？谢谢！

向日葵天涯

很感谢社长在群里面回复我说：non-protein-non-protein包含小分子内部作用，没道理非得是零。抱歉是我没说清楚，体系的溶剂是水分子。non-protein-non-protein指的是水分子内部的，应该是没有14相互作用的。我分析了几个类似的体系，non-protein-non-protein，protein-non-protein的14也都是0，就只有一个体系，这个能量分析有问题，不知道是什么原因。所以在这里再请教一下各位大神，希望能够找到原因或者希望有所启发。

sobereva

直接定义一个water的group，看看组内1-4是多少
也把non-protein的定义输出出来，看看到底包含哪些原子

daydayup

老师，请问md模拟时，在run.mdp中energygrps设置了分组，以进行各个组之间的相互作用能分析。但是模拟跑完之后，又想分析没有在energygrps中注明的其他组，请问这种情况只能重新定义再模拟了吗？

sobereva

daydayup 发表于 2019-11-17 12:56
老师，请问md模拟时，在run.mdp中energygrps设置了分组，以进行各个组之间的相互作用能分析。但是模拟跑完 ...

重新定义能量组，然后rerun一遍即可

daydayup

sobereva 发表于 2019-11-17 15:31
重新定义能量组，然后rerun一遍即可

老师，我模拟了大概70条多肽在水盒子中的粗粒化分子动力学模拟，一个多肽带一个单位正电荷。但是进行g_energy分析时，有一些疑问：
1、Coul-SR:MOL-MOL（MOL为多肽）一项的平均值为5kJ/mol左右，想请教一下多肽分子间的静电相互作用能为什么这么小，是因为分析不准确吗？
2、分析了一条多肽的每个序列与水分子间的LJ势能，但是各序列与水分子间LJ势能的和不等于单条多肽整体与水分子间的LJ势能呢？
谢谢解答！