计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14755|回复 Reply: 17
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助:Gaussian+PySOC计算,在最后输入pysoc.py时出现如下报错

[复制链接 Copy URL]

20

帖子

0

威望

589

eV
积分
609

Level 4 (黑子)

本帖最后由 Limk 于 2019-11-12 23:01 编辑

最近看到sobereva老师关于“
使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元”的帖子,安装完成后运行最后一步时出现如下报错,请教一下这是什么原因?谢谢老师!
问题已解决,谢谢大家

56

帖子

0

威望

1263

eV
积分
1319

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2018-12-24 20:23:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 catenarygong 于 2018-12-24 20:24 编辑

Sorry my computer cannot input Chinese characters now.

I think this error may be caused by that you choose wrong basis set for gaussian calculation.


You may want to try ORCA 4.1 for spin-orbit coupling matrix elements.
It's way much easier to handle.

140

帖子

0

威望

393

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2018-12-24 20:57:41 | 只看该作者 Only view this author
应该是环境变量设置有问题或者软件文件读取权限被限制

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-12-25 00:48:26 | 只看该作者 Only view this author
仔细确认操作步骤和博文里严格一样,该准备的文件都准备了,并且放到了适合的目录下,并且Python版本和博文说的一样
也跑一下博文自带的例子确保操作方式正确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

659

eV
积分
714

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2018-12-27 13:04:06 | 只看该作者 Only view this author
楼主您好,请问这个问题解决了吗,我也遇到了同样的问题.

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

6#
发表于 Post on 2019-2-18 14:11:57 | 只看该作者 Only view this author
楼主您好,请问这个问题解决了吗,我也遇到了同样的问题

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-2-18 14:46:54 | 只看该作者 Only view this author
gyr1327 发表于 2019-2-18 14:11
楼主您好,请问这个问题解决了吗,我也遇到了同样的问题

按照博文死活还是鼓捣不明白的用ORCA
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

3

威望

1121

eV
积分
1184

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2019-2-19 10:39:31 | 只看该作者 Only view this author
说一下我解决过的问题吧,不知道能不能帮助你们:输入的分子坐标中,原子序号那一栏,不能像Gaussian中一样用数字,必须得用字母,比如C,不能用6

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2019-4-19 10:07:17 | 只看该作者 Only view this author
catenarygong 发表于 2018-12-24 20:23
Sorry my computer cannot input Chinese characters now.

I think this error may be caused by that y ...

Than you very much.I will to try .

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

10#
发表于 Post on 2019-4-19 10:09:24 | 只看该作者 Only view this author
JasonRao 发表于 2019-2-19 10:39
说一下我解决过的问题吧,不知道能不能帮助你们:输入的分子坐标中,原子序号那一栏,不能像Gaussian中一样 ...

那你现在可以用pysoc计算了吗?是否需要下载python?

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

11#
发表于 Post on 2019-4-19 10:09:45 | 只看该作者 Only view this author
gyr1327 发表于 2019-2-18 14:11
楼主您好,请问这个问题解决了吗,我也遇到了同样的问题

没有,你现在解决了吗?

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

12#
发表于 Post on 2019-4-19 10:11:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-25 00:48
仔细确认操作步骤和博文里严格一样,该准备的文件都准备了,并且放到了适合的目录下
也跑一下博文自带的例 ...

就是自带的例子,出现错误,这个需要下载python吗?

13

帖子

0

威望

79

eV
积分
92

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2019-4-19 10:27:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-18 14:46
按照博文死活还是鼓捣不明白的用ORCA
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis ...

好的,老师,谢谢您。

20

帖子

0

威望

195

eV
积分
215

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2019-6-25 15:31:50 | 只看该作者 Only view this author
我也是出现相同的错误,有人解决了没?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2019-6-26 03:20:22 | 只看该作者 Only view this author
风影月瞳 发表于 2019-6-25 15:31
我也是出现相同的错误,有人解决了没?

搞不定的用ORCA,比Gaussin+PySOC好用百倍,链接前面给了
目前没有使用PySOC的理由
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 00:40 , Processed in 0.196027 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list