计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9118|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs的distance_reatraints只能对同一分子之内的两个原子使用吗?

[复制链接 Copy URL]

62

帖子

0

威望

277

eV
积分
339

Level 3 能力者


是我不知道怎么写还是它确实不可以对不同分子之间的原子进行距离限制呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-11-17 14:54:55 | 只看该作者 Only view this author
这是对分子类型定义的,因此序号必须是moleculetype里的序号
不同moleculetype之间进行限制作用需要通过[ intermolecular_interactions ]定义,并且用全局序号
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

277

eV
积分
339

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-17 22:54:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-17 14:54
这是对分子类型定义的,因此序号必须是moleculetype里的序号
不同moleculetype之间进行限制作用需要通过[  ...

李老师你好!但是 我怎么在手册里找不到[ intermolecular_interactions ]的相关内容/。

210

帖子

0

威望

1853

eV
积分
2063

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2019-11-18 12:50:24 | 只看该作者 Only view this author
fwan1006 发表于 2019-11-17 22:54
李老师你好!但是 我怎么在手册里找不到[ intermolecular_interactions ]的相关内容/。

纠正你一下,社长姓卢。
另外你的问题可以在gromacs2016手册的p.123找到。

62

帖子

0

威望

277

eV
积分
339

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-18 14:18:47 | 只看该作者 Only view this author
感谢各位前辈,应该是这一段的内容放错了,要放到system molecule 的最后面。
谢谢,目前还在跑还没出问题。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 10:14 , Processed in 0.179204 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list