MS建模后在GV里面进行分层，对于堆积的密集的体系设为高层的中心分子怎样选择？

xiaojingling016

    1.看了sob老师的“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱”的帖子，想在中心分子周围包裹两层或三层环境分子，比如：设两层时，将VMD中的选择语句same fragment as {within 3.5 of fragment 31}中的3.5改成4.5，得到mol2文件，将其载入gview得gjf文件，在进行优化氢原子位置时，输入文件中的电荷自旋设置为0 1，计算出错，提示：The combination of multiplicity 1 and xx electrons is impossible.将3.5改成5时，电荷自旋设置为0 1可以进行计算，问题：选择语句中的3.5改成多少是包裹了两层环境分子，该值大小的设置有没有什么规则？    2.因为用VMD设置环境分子的层数，就是选择语句中的数字拿捏不准，即不知道设置多大时为两层，多大时为三层，所以用MS进行建模。若建模是3*3*3的，或是堆积更密集的体系，对于设置为高层的中心分子该怎样确定？

sobereva

"The combination of multiplicity 1 and  xx electrons is impossible.将3.5改成5时，电荷自旋设置为0 1可以进行计算" 语义不明

自行测试within后面的值，根据VMD显示的实际情况判断多少合适。不同体系情况显然不一样。
你的问题语言逻辑莫名其妙，“所以用MS进行建模”和前面的文字根本没有因果关系。没看出来你到底要问什么。

xiaojingling016

sobereva 发表于 2021-2-25 13:11
"The combination of multiplicity 1 and  xx electrons is impossible.将3.5改成5时，电荷自旋设置为0 1可 ...

不好意思，sob老师，是我自己没表达清楚，就是不会自行测试within后面的值，比如：设两层环境分子，将within后面的值设为4，我怎样根据VMD显示的实际情况判断我设的是不是两层环境分子，有些排序很乱，不太容易看出是不是两层。我想可不可以用MS进行建模，直接建两层，选取中心分子作为高层进行QM计算

sobereva

xiaojingling016 发表于 2021-2-25 22:17
不好意思，sob老师，是我自己没表达清楚，就是不会自行测试within后面的值，比如：设两层环境分子，将wit ...

没有必要非得“两层”，关键是从肉眼上看，中心分子已经被充分包围住了，没有因为使用不当的簇模型导致中心分子某些部分感受到与晶体中明显不同的状态，这就够了

当前问题和M$没有丝毫联系