模拟tip4p水模型时出现错误，求助水模型模拟例子

qaz · 发表于 Post on 2019-11-25 10:05:54

本帖最后由 qaz 于 2019-11-25 10:08 编辑

最近在模拟tip4p水模型时，到npt这一步总是出现错误，因为是用的自己写的top和gro文件，不知道问题出在哪里。
下面是报错内容：
Program: gmx mdrun, version 2016.4
Source file: src/gromacs/mdlib/constr.cpp (line 167)

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1125)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
不知道是不是拓扑和结构文件写的有问题，附件已上传，希望尽快得到解答，因为时间很紧，如果有水模型运行的例子，希望能够提供一份，万分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-25 19:33:15

给你个gmx模拟目前最佳的四点水模型OPC水盒子的例子

waterbox_OPC.rar (1.92 MB, 下载次数 Times of downloads: 380)
TIP4P比OPC差得远

qaz · 发表于 Post on 2019-11-25 20:52:42

sobereva 发表于 2019-11-25 19:33
给你个gmx模拟目前最佳的四点水模型OPC水盒子的例子

TIP4P比OPC差得远

好的，万分感谢

qaz · 发表于 Post on 2019-11-26 11:18:30

qaz 发表于 2019-11-25 20:52
好的，万分感谢

sob老师您好，您给的OPC水盒子的例子有没有具体的命令来执行呢，我用之前跑烷烃类物质的命令会出现错误，一直无法运行，不知道您能不能提供一下这个OPC水模型运行的具体命令呢，万分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-26 23:30:31

qaz 发表于 2019-11-26 11:18
sob老师您好，您给的OPC水盒子的例子有没有具体的命令来执行呢，我用之前跑烷烃类物质的命令会出现错误， ...

mdrun -v -deffnm [tpr文件名]

qaz · 发表于 Post on 2019-12-2 10:52:00

sobereva 发表于 2019-11-26 23:30
mdrun -v -deffnm [tpr文件名]

sob老师您好，我在运行您发的OPC水模型的时候我将两个OW_opc和HW_opc类型加入到了ffnonbonded.itp文件中，运行的时候还是出现以下错误，不知道是怎么回事，希望您解答一下，万分感谢！
ERROR 1 [file opc.itp, line 12]:
Atomtype OW_opc not found

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-3 07:30:41

qaz 发表于 2019-12-2 10:52
sob老师您好，我在运行您发的OPC水模型的时候我将两个OW_opc和HW_opc类型加入到了ffnonbonded.itp文件中 ...

没加对地方

qaz · 发表于 Post on 2019-12-3 09:23:48

我是按这个注释加的，
;To use this opc.itp, you must also add below lines into [ atomtypes ] of ffnonbonded.itp under AMBER forcefield
;OW_opc    8    15.9994  0.0000  A 0.316655  0.89036
;HW_opc    1    1.0080  0.0000  A 0.0    0.0

加到了amber99sb-ildn.ff力场的ffnonbonded.itp文件里了，如下所示：
[ atomtypes ]
; name    at.num  mass    charge ptype  sigma    epsilon
Br       35    79.90 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
C          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CA          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CB          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CC          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CK          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CM          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CN          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CQ          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CR          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CT          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  4.57730e-01
CV          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
CW          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
C*          6    12.01 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
C0       20    40.08 0.0000  A 3.05240e-01  1.92376e+00
F          9    19.00 0.0000  A 3.11815e-01  2.55224e-01
H          1    1.008 0.0000  A 1.06908e-01  6.56888e-02
HC          1    1.008 0.0000  A 2.64953e-01  6.56888e-02
H1          1    1.008 0.0000  A 2.47135e-01  6.56888e-02
H2          1    1.008 0.0000  A 2.29317e-01  6.56888e-02
H3          1    1.008 0.0000  A 2.11499e-01  6.56888e-02
HA          1    1.008 0.0000  A 2.59964e-01  6.27600e-02
H4          1    1.008 0.0000  A 2.51055e-01  6.27600e-02
H5          1    1.008 0.0000  A 2.42146e-01  6.27600e-02
HO          1    1.008 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
HS          1    1.008 0.0000  A 1.06908e-01  6.56888e-02
HW          1    1.008 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
HP          1    1.008 0.0000  A 1.95998e-01  6.56888e-02
I          53    126.9    0.0000  A 4.18722e-01  1.67360e+00
Cl       17    35.45 0.0000  A 4.40104e-01  4.18400e-01
Na       11    22.99 0.0000  A 3.32840e-01  1.15897e-02
IB          0    131.0    0.0000  A 8.90899e-01  4.18400e-01
MG       12    24.305 0.0000  A 1.41225e-01  3.74342e+00
N          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
NA          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
NB          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
NC          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
N2          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
N3          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
N*          7    14.01 0.0000  A 3.25000e-01  7.11280e-01
O          8    16.00 0.0000  A 2.95992e-01  8.78640e-01
OW          8    16.00 0.0000  A 3.15061e-01  6.36386e-01
OH          8    16.00 0.0000  A 3.06647e-01  8.80314e-01
OS          8    16.00 0.0000  A 3.00001e-01  7.11280e-01
O2          8    16.00 0.0000  A 2.95992e-01  8.78640e-01
P          15    30.97 0.0000  A 3.74177e-01  8.36800e-01
S          16    32.06 0.0000  A 3.56359e-01  1.04600e+00
SH       16    32.06 0.0000  A 3.56359e-01  1.04600e+00
CU       29    63.55 0.0000  A 3.39967e-01  3.59824e-01
FE       26    55.00 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
K          19    39.10 0.0000  A 4.73602e-01  1.37235e-03
Rb       37    85.47 0.0000  A 5.26699e-01  7.11280e-04
Cs       55    132.91 0.0000  A 6.04920e-01  3.37230e-04
; spc water - use only with spc.itp & settles
OW_spc    8    15.9994  0.0000  A 3.16557e-01  6.50629e-01
HW_spc    1    1.0080  0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
Li          3    6.94 0.0000  A 2.02590e-01  7.65672e-02
Zn       30    65.4    0.0000  A 1.95998e-01  5.23000e-02
; opc water - use only with opc.itp & settles
HW_opc    1    1.0080  0.0000 A 0.00000e+00  0.00000e+00
OW_opc    8    15.9994  0.0000  A 3.16655e-01  8.90360e-01
;tip4p-EW
HW_tip4pew 1    1.008 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
OW_tip4pew 8    16.00 0.0000  A 3.16435e-01  6.80946e-01
; tip4p
HW_tip4p    1    1.008 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
OW_tip4p    8    16.00 0.0000  A 3.15365e-01  6.48520e-01
;tip5p
HW_tip5p    1    1.008 0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
OW_tip5p    8    16.00 0.0000  A 3.12000e-01  6.69440e-01
; dummy defs
; MW=Dummy mass for tip4p/EW/5p water extra point charge
MW          0    0.0000  0.0000  D 0.00000e+00  0.00000e+00
; Dummy masses for rigid CH3 and NH3 groups
MCH3       0    0.0000  0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
MNH3       0    0.0000  0.0000  A 0.00000e+00  0.00000e+00
希望您能详细解答一下，万分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-4 07:37:15

怀疑你引的不是amber99sb-ildn.ff下面的forcefield.itp，否则也没其它原因

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