求助：关于MD模拟中共价键constraint设置的疑惑

dinghongming · 发表于 Post on 2020-5-10 10:54:18

我在gromacs中正常都是如下设置的，我记得sob老师在回复之前帖子时也提到正常跑MD时用h-bonds就可以了；
constraint_algorithm = lincs ;
constraints = h-bonds ;

不过最近我看了几篇利用MM/PBSA或者MM/GBSA计算ligand-protein或者protein-protein结合能时，都是用的all-bonds,
而且限制算法用的是shake，文章是用amber软件做的。

我想请教的是，这么设置的原因是因为amber中就正常这么设置还是因为使用MM/PBSA方法时需要这么设置。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-10 10:57:30

文章里说的就是只对与氢有关的共价键进行约束，和constraints = h-bonds 是同一个意思
AMBER里没有更好的LINCS，所以用的SHAKE。在约束效果上并没明显差别，只不过LINCS效率更高、更适合并行化而已。

niobium · 发表于 Post on 2020-5-10 10:59:09

标题疑似敏感词

dinghongming · 发表于 Post on 2020-5-10 11:17:49

sobereva 发表于 2020-5-10 10:57
文章里说的就是只对与氢有关的共价键进行约束，和constraints = h-bonds 是同一个意思
AMBER ...

谢谢sob老师，是我理解错了~

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