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[GROMACS] Gromacs能否取出多少距离以内的构型

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楼主
请问大家,如果关注的是小分子在蛋白内的光学性质,用GROMACS跑完动力学,如何能取出小分子所在一定范围内,比如5埃之内的构型呢?主要是考虑到这个距离以外的原子对分子性质影响不大。

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发表于 Post on 2019-12-4 17:09:16 | 只看该作者 Only view this author
用VMD的within语句进行选择,然后保存结构文件。参看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-12-4 20:31:41 | 只看该作者 Only view this author
库伦力哭晕在厕所

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发表于 Post on 2019-12-4 22:16:35 | 只看该作者 Only view this author
我常用的方法, AmberTools
cpptraj
parm start-structure.pdb
trajin trj.pdb
reference start-structure
strip !(:LIG<:5.0)
trajout with5A.pdb
run
quit

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