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[GROMACS] 请教nafion,水和水合氢离子的混合体系能量最小化报错的问题

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各位老师好,我想做一个nafion,水和水合氢离子的混合体系跑gromacs,水合氢离子的itp是我自己写的,然后能量最小化的时候就出现了很多问题,如图所示,感觉是自己水合氢离子力场文件没有写好,已经改了很多次了,请各位老师帮我看看

h3o atomtype.itp

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h3o .itp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-3 16:10:58 | 只看该作者 Only view this author
这是报错的截图,其实没有报错,但是无法生成gro文件

202401031610359658..png (424.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202401031610359658..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-3 16:13:08 | 只看该作者 Only view this author
之后报错的时候看论坛,把h30 atomtype.itp的atomtype 加到了ffnobond.itp里

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发表于 Post on 2024-1-3 19:21:02 | 只看该作者 Only view this author
你这个电荷没中和不影响模拟结果吗?

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发表于 Post on 2024-1-4 09:52:06 | 只看该作者 Only view this author
巴普洛夫的狗 发表于 2024-1-3 16:13
之后报错的时候看论坛,把h30 atomtype.itp的atomtype 加到了ffnobond.itp里

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-1-4 09:53:03 | 只看该作者 Only view this author
净电荷都差不多100了,明显离谱
现实当中这种体系都库仑爆炸了

而且截图里根本没体现运行mdrun
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-4 13:16:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-4 09:53
净电荷都差不多100了,明显离谱
现实当中这种体系都库仑爆炸了

老师,请问这个该怎么办呢,我加了100个水合氢离子,又加了一百个nafion,nafion里自带了磺酸基,按道理说应该成电中性啊

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发表于 Post on 2024-1-5 10:17:10 | 只看该作者 Only view this author
巴普洛夫的狗 发表于 2024-1-4 13:16
老师,请问这个该怎么办呢,我加了100个水合氢离子,又加了一百个nafion,nafion里自带了磺酸基,按道理 ...

检查质子化态、原子电荷
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-12-25 22:30:02 | 只看该作者 Only view this author
楼主你好,请问您用的是什么力场?我在找CHARMM力场下水合氢离子的参数,不知道您的这个可不可以用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-3 10:35:07 | 只看该作者 Only view this author
lrl 发表于 2024-12-25 22:30
楼主你好,请问您用的是什么力场?我在找CHARMM力场下水合氢离子的参数,不知道您的这个可不可以用

是sobtop生成的gaff力场

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