[GROMACS] 聚合物动力学模拟结束后的RMSD和Rg产生极大的波动是怎么回事？

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liu840397562

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发表于 Post on 2023-11-3 16:39:10 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 liu840397562 于 2023-11-3 22:19 编辑

各位老师同学们好，我在使用gromacs进行了50000ps的PDMD后，使用gromacs的gmx rms以及gmx gyrate得到RMSD以及回转半径。但是得到的RMSD数据图如下，一直存在很大波动的感觉（回转半径也是这样），似乎这种情况跟周期性条件有关系，我查看VMD发现是有分子的进出的，这可能导致这部分的分子坐标发生较大的浮动，但是这样如何避免计算RMSD，回转半径这些数值时候产生这些问题呢？

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