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[GROMACS] Gromacs模拟离子液体体系,请问怎么计算溶质分子与离子液体阴/阳离子的相互作用

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楼主
各位老师同学,我用Gromacs模拟小分子溶于离子液体的体系,但是我现在只会模拟弛豫,怎么才能计算溶质分子与离子液体中阴阳离子的相互作用呢?我没有检索到相应的例子,有可以参考的例子或者教程吗?
非常感谢您的解答!!!


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发表于 Post on 2019-12-26 00:35:46 | 只看该作者 Only view this author
可以从能量角度考察,将两个部分在mdp里定义为两个能量组,然后从edr文件中提取相互作用能
也可以从空间分布函数、径向分布函数等粒子分布角度考察
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-27 09:26:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-26 00:35
可以从能量角度考察,将两个部分在mdp里定义为两个能量组,然后从edr文件中提取相互作用能
也可以从空间分 ...

非常感谢!试了一天终于把问题解决了。

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