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[Multiwfn使用咨询] Multiwfn使用IGM考察分子间相互作用,遇到的问题?

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所有操作按照“通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用”(http://sobereva.com/407)。目前已经把“δg_intra/δg_inter对 sign(lambda2)rho”散点数据输出出来。想用δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho绘制一张彩色填色图【参照 :“绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法”(http://sobereva.com/399)】。这里我遇到两个问题:

1)理论上,上述multiwfn输出出来的δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho”的数据包含了我想要的全部信息,但是总共是6列数据,哪两列数据涵盖了“δg_intra + δg_inter对 sign(lambda2)rho”的坐标呢?

2)我使用的结果是fchk文件,里面选项“promolecular密度近似计算”,请问“RDG彩色填色图”和“RDG等值面图”里面的作图参数要不要更改?
谢谢!



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发表于 Post on 2020-1-4 22:08:33 | 只看该作者 Only view this author
1 在此文里已经说了怎么绘制这种图
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407
之前在http://sobereva.com/399里介绍过怎么绘制有填色效果的RDG散点图,这很便于将散点图上的位置与填色等值面图相互对照,对于IGM散点图也完全可以绘制类似的效果,只不过需要用的脚本有所不同。具体做法见手册4.20.10.1节末尾。效果如下所示
2 不用。若发现不满意的话再调
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-4 23:00:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2020-1-4 23:57 编辑
sobereva 发表于 2020-1-4 22:08
1 在此文里已经说了怎么绘制这种图
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407 ...

谢谢SOB的及时回复。
这篇介绍里面第三个部分,即 “3 实例:用IGM考察苯酚二聚体中的相互作用”中的第一幅图是δg vs sign(lambda2)rho的散点图。然而,在帖子http://sobereva.com/399中,是把multiwfn输出的文件“output.txt”删除前面三列,留下后面两列作彩色图。显然,针对本案例所输出的δg vs sign(lambda2)rho结果(默认dg.cub文件),如果删除前三列,后两列的文件做出来的图显示不全。所以,我遇到的问题核心是:不知利用multiwfn生成的哪几列数据,作彩色δg vs sign(lambda2)rho图。换而言之,就是想做:δg vs sign(lambda2)rho的彩色散点图,但是multiwfn输出的数据让我不知道删除哪些好。

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发表于 Post on 2020-1-5 01:09:06 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-1-4 23:00
谢谢SOB的及时回复。
这篇介绍里面第三个部分,即 “3 实例:用IGM考察苯酚二聚体中的相互作用”中的第 ...

不需要自己修改output.txt的内容。直接按最新版手册4.20.10节的“Skill: Plotting sign(lamda2)rho colored IGM scatter map”部分说的,用examples\scripts\IGMscatter.gnu对直接导出的output.txt作图就完了,这个脚本里已经指定了作图时用此文件的哪些列
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-5 18:33:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-5 01:09
不需要自己修改output.txt的内容。直接按最新版手册4.20.10节的“Skill: Plotting sign(lamda2)rho color ...

谢谢!我根据说明书上的介绍,确实能绘制这幅彩色图。但也注意到另外一个问题。在Multiwfn里面显示的时候,δg vs sign(lambda2)rho图中-0.01附近有个尖锐的峰。但是,绘制彩色图的时候,这个峰就没有了,图形好似说明书上面的,只是填色图一样(Skill: Plotting sign(2) colored IGM scatter map里的插图),没有峰。英文,如果凸显绿色的峰呢?(PDF打开加载彩色文件的时候,中间有一段确实有这个峰出现,随着点数的增加,峰就逐渐消失)

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发表于 Post on 2020-1-5 18:53:55 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2020-1-5 18:33
谢谢!我根据说明书上的介绍,确实能绘制这幅彩色图。但也注意到另外一个问题。在Multiwfn里面显示的时候 ...

我搞不清楚你的情况。如果怀疑是.ps观看程序的原因,换个程序打开再试。并且注意坐标轴范围设成和Multiwfn里的一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-5 21:03:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2020-1-6 19:03 编辑
sobereva 发表于 2020-1-5 18:53
我搞不清楚你的情况。如果怀疑是.ps观看程序的原因,换个程序打开再试。并且注意坐标轴范围设成和Multiwf ...

谢谢耐心的讨论。逐个更改参数调试,问题已经解决,谢谢!

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