求助：Gromacs如何导出“最大SASA”的数据？谢谢

lao7 · 发表于 Post on 2020-1-13 09:49:16

本帖最后由 lao7 于 2020-1-13 09:51 编辑

Gromacs计算一个体系，需要进行“maximum solvent accessible surface area （maximum SASA）”、“maximum number of H-bonds”，和对应于最大团簇的“吉布斯自由能变化”，请问如何导出最大团簇，再计算呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-13 20:36:35

我不晓得“最大SASA”怎么定义的，如果是所有帧里SASA最大值，利用VMD的tcl脚本写个循环结合measure SASA命令，可以很容易地得到每一帧的SASA并得到最大值
“maximum number of H-bonds”利用gmx hbond直接就能得到
gmx clustsize直接可以给出每一帧的最大团簇所含成员数

lao7 · 发表于 Post on 2020-1-13 22:26:29

本帖最后由 lao7 于 2020-1-14 19:45 编辑

sobereva 发表于 2020-1-13 20:36
我不晓得“最大SASA”怎么定义的，如果是所有帧里SASA最大值，利用VMD的tcl脚本写个循环结合measure SASA命 ...

谢谢卢老师，你的推测应该是对的。我把原文附在后面，请帮我看看Figure 4C和Figure 5具体怎么做出来的（请见PDF附件）。1）您提到：“maximum number of H-bonds”利用gmx hbond直接就能得到，我使用了gmx hbond...[-num [<.xvg>]] 输出了“number of hydrogen bonds as a function of time.”（这似乎是整个体系的平均能量变化，而不是maximum number of H-bonds），但是文献中显示的“maximum number of H-bonds”似乎是对应于“最大SASA团簇体系”？
2）文中似乎先筛选出最大SASA，再计算每一帧最大SASA对应的氢键、每一帧最大sasa对应的自由能。但我不确定是否如此。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-14 23:46:20

lao7 发表于 2020-1-13 22:26
谢谢卢老师，你的推测应该是对的。我把原文附在后面，请帮我看看Figure 4C和Figure 5具体怎么做出来的（ ...

我现在太忙，没时间细看
氢键数目变化并不能和体系平均能量划等号

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