求助：构建无限体系grompp出错

Emma_Zzz · 发表于 Post on 2020-1-7 10:51:04

本帖最后由 Emma_Zzz 于 2020-1-7 10:53 编辑

构建无限体系时，已经保证了“末端”原子在top文件中共享一个键，按理来说应该是零电荷才对。但是，Gromacs在执行grompp这一步时报错：System has non-zero total charge: -0.240000

附上我的pdb、top、mdp文件

test.pdb (45.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

test.top (126.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

test.gro (25.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

em.mdp (2.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

请问究竟是哪一步做错了呢，应该怎样改进

naoki · 发表于 Post on 2020-1-7 16:55:30

你这个盒子里总电荷不为0啊，可以自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0
向楼主请教一下topotools构建周期性体系的拓扑，需要自己手动调整很多吗？

Emma_Zzz · 发表于 Post on 2020-1-8 14:51:29

naoki 发表于 2020-1-7 16:55
你这个盒子里总电荷不为0啊，可以自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0
向楼主请教一下topotools构 ...

谢谢回复！请教一下自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0具体要怎么做呢，有没有相关教程的链接啊

对，手动调整的很多，关键我也不知道我做的对不对，头回跑无限体系

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-8 21:40:57

Emma_Zzz 发表于 2020-1-8 14:51
谢谢回复！请教一下自己计算RESP电荷，约束重复单元内静电荷为0具体要怎么做呢，有没有相关教程的链接啊 ...

仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

有现成的氨基酸残基RESP电荷计算例子

Emma_Zzz · 发表于 Post on 2020-1-10 12:22:25

sobereva 发表于 2020-1-8 21:40
仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsc ...

好的，谢谢sob老师！

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