高斯生成的CUBE文件无法在VMD里显示分子轨道isosurface

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-8 10:27:16

本帖最后由算一算于 2020-2-9 05:55 编辑

虽然 VMD 官网的文件说自己的软件是支持 Gaussian cube files 的，但是看起来并不是所有功能都支持这种文件类型。
我把高斯的 fchk 文件转换成含有HOMO的 cub/cube 文件之后，用VMD打开，可以看到分子结构，但是选 isosurface 或者 orbital 都看不到任何分子轨道，依然只有分子结构。选surf是可以看到一个整体的大surface，这个功能是正常的。但是想看分子轨道看不了。
不知道你们是不是也遇到这种问题。
顺便说一下，我用的高斯是09，VMD是1.9.1。不知道这个障碍跟版本有没有关系。
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最后更新：
正确答案在8楼。如果你遇到完全相同的状况，直接看8楼就解决问题了。
如果你不清楚我描述的是个什么过程，看7楼视频。
3楼完全跑题了，不用看。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-8 10:43:50

没有问题，支持 cub 文件很正常
应该选isosurface，并且应该创建两个isosurface，分别是分子轨道的正值和负值部分。注意设定正确的正负值（isovalue），否则可能截不到等值面就看不到了。
Surf根这个没关系

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-8 13:35:47

明显是你操作有问题。诸如下文的做法就是用的VMD看Multiwfn计算的分子轨道cube文件
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）

不知道怎么操作就直接按照博文里的做法，又省事效果又好

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-9 00:42:35

liyuanhe211 发表于 2020-2-8 10:43
没有问题，支持 cub 文件很正常
应该选isosurface，并且应该创建两个isosurface，分别是分子轨道的正值和 ...

我选的是isosurface （1楼有说），但是轨道完全不显示
是选了两个isosurface, isovalue设置得是高斯里默认的0.02，但是完全显示不出轨道

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-9 00:54:17

sobereva 发表于 2020-2-8 13:35
明显是你操作有问题。诸如下文的做法就是用的VMD看Multiwfn计算的分子轨道cube文件
使用Multiwfn+VMD快速 ...

已看你做的视频。
但是我说的这种状况是不使用multiwfn 而直接把高斯cub用在VMD上的情况。就是用VMD打开高斯cub之后，选isosurface显示不出来，但是选surf可以显示出整体的surface。
看样子是这个isosurface功能和我的cub有不兼容的地方。不知道别人有没有遇到类似的情况，比如能显示isosurface但是显示不出别的。

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-9 01:01:41

用CPMD生成的cube文件在VMD里打开就可以显示isosurface，但是我从高斯里得到的cub就不显示isosurface只显示分子结构

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-9 01:44:20

本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-2-9 01:52 编辑

算一算发表于 2020-2-9 00:42
我选的是isosurface （1楼有说），但是轨道完全不显示
是选了两个isosurface, isovalue设置得是高斯里默 ...

我说应该选isosurface是因为你不知道surf是啥意思。如图体现使用G09W自带的cubegen产生homo的cube并作图的过程，没有问题，不要随便怀疑程序Bug“看起来并不是所有功能都支持这种文件类型”，考虑你软件、操作的问题：

ymygca · 发表于 Post on 2020-2-9 04:09:16

我也与遇到这个问题。我从高斯生成的cube文件打开之后是这样子，在vmd中不显示isosurface：

Title Card Required MO=HOMO
MO coefficients
-3 -15.570673 -10.639613 -11.456561 1

把第三行最后的1删掉之后就可以用vmd显示了
Title Card Required MO=HOMO
MO coefficients
-3 -15.570673 -10.639613 -11.456561

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-9 05:38:39

ymygca 发表于 2020-2-9 04:09
我也与遇到这个问题。我从高斯生成的cube文件打开之后是这样子，在vmd中不显示isosurface：

Title Card ...

我照你说的试了——把那个1删了，果然能显示了！没想到就是这么一个小小的格式问题导致VMD读不出来。
非常感谢！

算一算 · 发表于 Post on 2020-2-9 05:50:33

liyuanhe211 发表于 2020-2-9 01:44
我说应该选isosurface是因为你不知道surf是啥意思。如图体现使用G09W自带的cubegen产生homo的cube并作图 ...

我不知道surf什么意思，而且那个下拉菜单里很多缩写我都不知道是指什么，但是这不是我所说的问题。我说surf是在说那菜单里有的功能能用，有的不能用，想知道别人是不是也遇到同样的状况。
我就是用高斯自带的cubegen生成的，win版和Linux版都试了，生成的cub文件都在VMD里显示不出轨道。我用的是高斯官网给的指令：
cubegen 0 MO=HOMO cutemolecule.fchk cuteHOMO.cub 0 h
本质上跟你视频里用的是一样的。你就是把它切成一段一段的了。
8#说的是正解。话说你生成的cub里面有没有那个1？如果没有的话，那就真的很奇怪了，不知道为什么我们生成的里面就有这个1。可能是高斯版本的细微差异导致的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-9 06:06:13

算一算发表于 2020-2-9 00:54
已看你做的视频。
但是我说的这种状况是不使用multiwfn 而直接把高斯cub用在VMD上的情况。就是用VMD打开 ...

surf是基于分子结构显示分子表面，显然和isosurface毫无关系

直接用Multiwfn生成cube文件问题直接就解决了，速度还快得多，还一次能产生一批轨道的各自的cube文件，或者把一批轨道的格点数据存到一个cube文件里。里面第5节写了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-9 06:30:16

算一算发表于 2020-2-9 05:50
我不知道surf什么意思，而且那个下拉菜单里很多缩写我都不知道是指什么，但是这不是我所说的问题。我说su ...

我用于截图的例子中产生的Cube有你说的这个1。

zilaaa · 发表于 Post on 2023-6-17 11:13:12

vesta转换的cube文件也是。。但是没有那个1，对了一下格式不知道哪里有问题

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[波函数分析求助] 高斯生成的CUBE文件无法在VMD里显示分子轨道isosurface

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