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[GROMACS] 从文献中得到了相应分子的itp文件,怎么获得或是生成分子的pdb文件呢?

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楼主
各位老师,同学,我想使用文献中报道的联合原子力场模拟离子液体体系,作者在支持材料中给出了相应的力场文件,想请问一下怎么才能得到相应分子的pdb文件呢?
非常感谢您的回复!

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发表于 Post on 2020-1-13 20:33:52 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-1-14 06:09:23 | 只看该作者 Only view this author
直接用GaussView 搭一个就可以,注意原子顺序和itp文件对应就可以了。如果有united atom 情况就随便用个其它元素代替,然后在pdb文件里改原子名

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-15 13:15:31 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2020-1-14 06:09
直接用GaussView 搭一个就可以,注意原子顺序和itp文件对应就可以了。如果有united atom 情况就随便用个其 ...

非常感谢!

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发表于 Post on 2020-1-15 14:57:41 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2020-1-14 06:09
直接用GaussView 搭一个就可以,注意原子顺序和itp文件对应就可以了。如果有united atom 情况就随便用个其 ...

good point~

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