MOZYME的使用和中间结构的输出问题

gongxd325 · 发表于 Post on 2021-4-12 15:43:15

优化一些混合体系的周期性结构，其中有高分子，有硼或铝，还有盐，大概3000-5000个原子。
由于分子力学方法没有合适的力场参数，DFT方法这些体系太大，因此考虑用半经验方法。遇到点问题，想请教一下：
（1）目前用MOPAC2016程序、PM7方法、LBFGS算法进行优化，速度比较慢，想用MOZYME算法，但产生的Lewis结构有问题，电荷不为0，优化无法进行，提示用CVB或SETPI解决，研究了一下手册，还是不清楚怎么解决，无从下手。不知道是否有熟悉的，能否给予一些指导？
（2）MOPAC是否能像xtb或Gaussian那样输出优化过程中每个CYCLE的结构？手册上似乎没有介绍。虽然MOPAC可以输出Restart文件，但那不是格式化文档，无法显示结构来监控优化过程。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-13 11:42:09

1 我对于PM7算这个的合理性有严重质疑。CP2K里用GFN1-xTB可靠度高得多，但对于如此大的体系依然非常困难

2 MOPAC2XYZ：将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/212

gongxd325 · 发表于 Post on 2021-4-14 09:11:20

sobereva 发表于 2021-4-13 11:42
1 我对于PM7算这个的合理性有严重质疑。CP2K里用GFN1-xTB可靠度高得多，但对于如此大的体系依然非常困难

...

谢谢Sob！
我试试用CP2K看。
第2个问题MOPAC2XYZ解决不了，因为这个过程MOPAC2016只输出每一步的时间和能量而不输出结构到out中，只是隔段时间会更新无格式的restart文档。
CYCLE: 589 TIME: 239.297 TIME LEFT:  1.49D  GRAD.: 71.570 HEAT: -7165.413
RESTART FILE WRITTEN,    TIME LEFT:  1.49D  GRAD.: 109.108 HEAT: -7167.103
CYCLE: 591 TIME: 316.281 TIME LEFT:  1.48D  GRAD.: 72.879 HEAT: -7168.548

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 12:46:16

gongxd325 发表于 2021-4-14 09:11
谢谢Sob！
我试试用CP2K看。
第2个问题MOPAC2XYZ解决不了，因为这个过程MOPAC2016只输出每一步的时间和 ...

PRNT=2 EF写了没？

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