请教模拟非生物体系的步骤方法

black

请教各位坛友，我是第一次做MD，一开始就要做非生物体系的有机分子。我现在不知道该如何进行，先简单叙述一下目前我的工作，希望得到指导。

1.构建小分子。我是通过chemoffice构建的小分子，分子含有170个原子，只含有C H O,利用MMFF94做了简单的分子力学优化。存成PDB
2.导入高斯中，进行结构优化，计算电荷
3.用ambertech将上述分子结构和电荷转化为mol2文件
4.用acpype.py脚本生成小分子的top，itp和gro文件。

接下来我该手动在top文件里添加力场参数么，然后建立盒子，插入小分子？后续我该怎么操作。求大家指导一下。现在真是一头雾水。

我最终的目的是建立密度1.1cc左右的盒子，然后通过改变温度看结构是如何变化的。提取结构和性质信息。

我到处看例子，现在真的很乱很着急，请大家帮忙！或者告诉我有没有类似的教程我看看。我用的版本是4.5.4

kunkun

你模型都优化好了..直接模拟不同温度梯度就好了嘛..
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... utorials/index.html
里面有烷烃的模拟例子

xiaowu759

你已经知道很多了，建盒子用editconf命令即可

black

xiaowu759 发表于 2015-5-13 15:18
你已经知道很多了，建盒子用editconf命令即可

那请问，我用脚本写出来的top文件里面力场啥都没有，这个该怎么处理呢？是直接在top文件里#include力场么？

black

kunkun 发表于 2015-5-13 14:18
你模型都优化好了..直接模拟不同温度梯度就好了嘛..
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/ ...

我只是优化了小分子，木有优化模型呢。。。

sobereva

就照着一般体系的top文件自己写就行了。弄明白了top文件每个部分的含义，之后就很简单了。
要把自己的分子的itp文件include进去
构建模拟体系可以用packmol，也可以用genbox往盒子里插入分子，插入的分子就选你的分子的.gro文件就行了。（不过genbox得到的没有packmol那么致密。初始结构疏松也无妨，NPT模拟后自发就变致密了）

xiaowu759

black 发表于 2015-5-13 16:22
那请问，我用脚本写出来的top文件里面力场啥都没有，这个该怎么处理呢？是直接在top文件里#include力场么 ...

在top里#include分子的itp文件

tjuchan

请教一下，我搜索研究苯的二聚体的构型。按照molclus的思想进行，但是采用gromacs模拟时，得到的苯分子中的原子并不是在一个平面。我应该怎样设置improper dihedral（应该是在itp文件中设置吧）呢？以下是按照molclus教程得到的在gromacs这一步的itp和top文件。求帮忙看看怎么修改呢?
以下是我的苯分子的itp文件
[ moleculetype ]
; molname        nrexcl
benzene                3

[ atoms ]
;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass
     1  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     2  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     3  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     4  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     5  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     6  opls_145   1    ben     CA      1      -0.115
     7  opls_147   1    ben     HA      1       0.115
     8  opls_147   1    ben     HA      1       0.115
     9  opls_147   1    ben     HA      1       0.115
    10  opls_147   1    ben     HA      1       0.115
    11  opls_147   1    ben     HA      1       0.115
    12  opls_147   1    ben     HA      1       0.115


[ bonds ]
; i        j        funct       
1        2        1
1        6        1
1        7        1
2        3        1
2        8        1
3        4        1
3        9        1
4        5        1
4        10        1
5        6        1
5        11        1
6        12        1
       
[ angles ]
; i        j        k        funct       
1        2        3        1
1        2        8        1
8        2        3        1
2        3        4        1
2        3        9        1
9        3        4        1
3        4        5        1
3        4        10        1
5        4        10        1
4        5        6        1
4        5        11        1
6        5        11        1
5        6        1        1
5        6        12        1
1        6        12        1
6        1        2        1
6        1        7        1
2        1        7        1

[ dihedrals ]
; i        j        k        r        fuct        c1        c2        c3        c4        c5        c6
1        2        3        4        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
8        2        3        4        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
1        2        3        9        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
8        2        3        9        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
2        3        4        5        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
9        3        4        5        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
2        3        4        10        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
9        3        4        10        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
3        4        5        6        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
10        4        5        6        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
3        4        5        11        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
10        4        5        11        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
4        5        6        1        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
11        5        6        1        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
4        5        6        12        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
11        5        6        12        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
5        6        1        2        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
12        6        1        2        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
5        6        1        7        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
12        6        1        7        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
6        1        2        3        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
7        1        2        3        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
6        1        2        8        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
7        1        2        8        3        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0        0.0
************************************************
system.top

#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "benzene.itp"

[ system ]
2*ben

[ molecules ]
benzene 2

sobereva

tjuchan 发表于 2015-8-20 15:27
请教一下，我搜索研究苯的二聚体的构型。按照molclus的思想进行，但是采用gromacs模拟时，得到的苯分子中的 ...

你别这么设dihedral，c1~c6都设成了0，相当于二面角项没起作用，显然会破坏平面结构。
决定力场参数的方式建议参考
gromacs决定力场参数的方式
http://sobereva.com/4

tjuchan

sobereva 发表于 2015-8-20 19:11
你别这么设dihedral，c1~c6都设成了0，相当于二面角项没起作用，显然会破坏平面结构。
决定力场参数的 ...

谢谢，我仔细看完了。发现是这样的。苯力场(oplsaa)中需要规定Improper dihedrals项(使得原子共面)，但是gromacs里面的OPLS力场没有这项，而且连dihedrals的参数（比如 CA CA CA CA）好像都没有，所以我上面写成0。但是用opls模拟苯的文献很多，都没有提到Improper dihedrals，是需要，还是不需要呢？(我理解错了呢?)
另外问一下，我能直接使用苯的PDB文件生成.gro和.top好像出现错误“Residue ' ' not found in residue topolgy database“能问下是什么错误吗?gromacs刚入门(准确说是MD刚入门)。
谢谢啦！！

sobereva

tjuchan 发表于 2015-8-20 21:08
谢谢，我仔细看完了。发现是这样的。苯力场(oplsaa)中需要规定Improper dihedrals项(使得原子共面)，但是 ...

没必要非用oplsaa
ATB里有大量小分子现成的拓扑文件，直接用即可http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
一些模拟例子在6L有：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=428