计算过渡态用IRC验证不符合预期

Machaophy · 发表于 Post on 2020-1-25 21:14:08

本帖最后由 Machaophy 于 2020-1-25 21:16 编辑

乙醇形成H3O+离子过渡态寻找

目前遇到的问题：
利用IRC验证后得到的生成物与期待的极为相似，差一个OH键的形成，H原子与O原子的距离也很进了，但就是不成键....

将该结构取出单独进行优化，H又会跑回C2H3，远离H2O基团且不收敛....

我用了Sob老师讲的几个关于几何优化不收敛的解决办法，但是仍没有作用...
现在不知道我的过渡态初猜是否要重新微调构建呢？
还是其实就没有办法找到这个过渡态呢？因为在IRC上看起来H原子与O原子的距离也很进了，但是就是不能形成H3O
令人苦恼，想请教一下大家，谢谢。

具体步骤如1-4所示：

1.势能面扫描找到合适初猜，结果如图1，输入文件和下：
%mem=1024MW
%nprocshared=16
%chk=scan_ts2.chk
# opt=modredundant nosymm M062x/def2TZVP pop=npa

2.以该初猜做TS过渡态计算，输入文件命令如下：
#p opt=(ts,noeigen,calcall,maxcycle=300,maxstep=5) M062x/def2TZVP pop=npa

3.做IRC以验证过渡态是否准确，结果如图2，输入文件和下：
#p irc=(maxpoints=250,stepsize=5,calcall) M062x/def2TZVP pop=npa
反应物符合没问题，但生成物类似，有一根OH键没有形成；

4.对IRC中最后一步结构进行优化，看是否形成了H3O+离子，结果如图3，输入文件和下：
#p opt=(calcall,maxstep=5) M062x/def2TZVP pop=npa
H又会跑回C2H3，远离H2O基团且不收敛；

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-25 23:31:24

“不成键”纯粹是gview的判断问题，看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

如果你的图2那个结构就是你期望的生成物的基本模样，优化之后变成了3，这是很正常的，本身图3的结构就显得明显比图2更稳定。

对图2进行优化的时候把优化步长上限设小，比如maxstep=5，再看能优化出什么。如果还是得到图3，说明实际中出现孤立的H3O+可能需要考虑动态效应、需要做AIMD才能直接体现出来。而对于你当前的情况，实际上IRC一端能跑出图2那种结构，而且受力已经非常小了，就已经足够说明实际中能出现H3O+了。

Machaophy · 发表于 Post on 2020-1-26 12:56:28

sobereva 发表于 2020-1-25 23:31
“不成键”纯粹是gview的判断问题，看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://b ...

谢谢Sob老师
图2的结构就是maxstep=5优化后得到的结果

我看到您的博文中写道：如果gjf里面用geom=connectivity定义了原子间连接关系，则会根据连接关系显示成键。否则自动判断成键
那么添加和删除起初的键联关系与关键词geom=connectivity是否会对GV最后得到的结构成键与否产生影响呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-26 18:53:56

Machaophy 发表于 2020-1-26 12:56
谢谢Sob老师
图2的结构就是maxstep=5优化后得到的结果

博文里写了gview是怎么判断的
根本别管gview的判断就完了

Machaophy · 发表于 Post on 2020-1-26 20:07:42

sobereva 发表于 2020-1-26 18:53
博文里写了gview是怎么判断的
根本别管gview的判断就完了

好的，谢谢老师！！

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