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[辅助/分析程序] 求助关于Sobmecp提示没有原子输入的问题

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最近我在用sobmecp计算势能面交叉点的时候,参照sob老师的帖子,分别设置好了input_header_A,input_header_B,geom,input_tail。然后分别运行。但是算了一步之后,系统就提示B中没有原子输入。难道geom文件里面不是只需要一个重态的分子坐标就够了吗?应该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2020-1-15 22:59:03 | 只看该作者 Only view this author
先把自带的例子跑一遍,确保使用流程无误
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 20:25:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-15 22:59
先把自带的例子跑一遍,确保使用流程无误

sob老师,我用苯基阳离子运算了一遍是可以的,但是用我的结构还是提示这种错误。提示我这个结构没有原子输入,很奇怪。

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发表于 Post on 2020-1-19 20:35:16 | 只看该作者 Only view this author
影后宁 发表于 2020-1-19 20:25
sob老师,我用苯基阳离子运算了一遍是可以的,但是用我的结构还是提示这种错误。提示我这个结构没有原子 ...

检查空行。并且注意windows和linux的换行符有异,windows下编辑完的弄到linux下后用dos2unix转换一下确保空行都正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 20:47:22 | 只看该作者 Only view this author
好的,老师我试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 21:12:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-19 20:35
检查空行。并且注意windows和linux的换行符有异,windows下编辑完的弄到linux下后用dos2unix转换一下确保 ...

老师,那么为什么结构A的第一步可以算呢?如果是空格的问题的话?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-29 19:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-19 20:35
检查空行。并且注意windows和linux的换行符有异,windows下编辑完的弄到linux下后用dos2unix转换一下确保 ...

老师,我反复尝试了几次,在算完A以后,B就提示没有原子输入,然后运行就终止了。输入文件没有问题,换一个结构就能够运算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-31 18:37:05 | 只看该作者 Only view this author
换了一个重态的结构坐标,就可以解决了。具体原因我也不清楚。

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