计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 22125|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 非键的长程/短程相互作用和截断之间的关系

[复制链接 Copy URL]

38

帖子

0

威望

227

eV
积分
265

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
一直比较疑惑,库伦是长程力,范德华是短程力,那么长程/短程和截断之间的关系是什么?
另外gromacs中用g_energy所提取的LJ-SR,LJ-LR,Coul-SR,为什么库伦只有短程的?
请教各位大神!!!

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17094

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2016-3-29 22:14:40 | 只看该作者 Only view this author
库伦力是1/r_12, 范德华大概是(r_12)^-6; 故而范德华比库伦衰减的快得多。故而称长程和短程。
不明白“长程/短程和截断之间的关系”是什么意思。

38

帖子

0

威望

227

eV
积分
265

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-30 09:27:56 | 只看该作者 Only view this author
如果是长程力就不能截断啊,按照手册的说法,是将截断外的减去一个值使力为0。
另外短程的范德华力不应该有长程相互作用能量(LJ-LR),长程的库伦力应该有长程相互作用能量(Coul-LR)。

282

帖子

0

威望

3021

eV
积分
3303

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2016-3-31 00:22:51 | 只看该作者 Only view this author
当rcolumb > rlist  才会有 coul-lr, rvdw > rlist 才会有 lj-lr. 我一般设这三个值相等。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +3 收起 理由
Reason
sobereva + 1 正解
mol + 2 欢迎讨论

查看全部评分 View all ratings

38

帖子

0

威望

227

eV
积分
265

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-31 12:15:08 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2016-3-31 00:22
当rcolumb > rlist  才会有 coul-lr, rvdw > rlist 才会有 lj-lr. 我一般设这三个值相等。

这就是双重截断的意思吧?
还有个问题,库伦如果用PME就没有截断,那为什么还要设置rcoulomb?

282

帖子

0

威望

3021

eV
积分
3303

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2016-4-1 01:27:22 | 只看该作者 Only view this author
XYwinne 发表于 2016-3-31 12:15
这就是双重截断的意思吧?
还有个问题,库伦如果用PME就没有截断,那为什么还要设置rcoulomb?

是叫twin-range neighboring search approach,我不知道和你说的双重截断是不是一个意思。
rcoulomb 之内的 electrostatic potential 是通过neighboring search直接计算的。PME是处理长程作用的。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2016-4-3 13:23:10 | 只看该作者 Only view this author
XYwinne 发表于 2016-3-31 12:15
这就是双重截断的意思吧?
还有个问题,库伦如果用PME就没有截断,那为什么还要设置rcoulomb?


PME是计算库仑作用的方法,可以把无穷远的静电作用都考虑。PME计算时分为实空间和倒易空间两部分计算,用户需要自己设定半径分离二者,这就是rcoulomb(此时必须=rlist)。原理上这个值不影响PME计算结果,只影响PME计算效率。rcoulomb内部的就是SR,以外的就是LR。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +9 收起 理由
Reason
Rain_yyr + 4 谢谢
青青青 + 5 牛!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

38

帖子

0

威望

227

eV
积分
265

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 21:13:08 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师和大家的回答

19

帖子

0

威望

79

eV
积分
98

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2019-9-15 15:22:40 | 只看该作者 Only view this author
XYwinne 发表于 2016-4-3 21:13
感谢sob老师和大家的回答

对范德华力与静电力的截断半径有点疑惑,请问分子与范德华力截断半径以外距离的分子之间还有范德华力作用吗?谢谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2019-9-17 03:25:00 | 只看该作者 Only view this author
daydayup 发表于 2019-9-15 15:22
对范德华力与静电力的截断半径有点疑惑,请问分子与范德华力截断半径以外距离的分子之间还有范德华力作用 ...

如果你是通过常规的cutoff方式算的范德华作用,原子与截断半径以外的原子没有范德华作用。但如果你开了能量/压力色散修正,会通过近似方式估计截断处理导致的色散作用对总能量和压力产生的影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

47

eV
积分
49

Level 2 能力者

11#
发表于 Post on 2020-2-6 00:05:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-17 03:25
如果你是通过常规的cutoff方式算的范德华作用,原子与截断半径以外的原子没有范德华作用。但如果你开了能 ...

您好!我想请教您gromacs相关的问题!
请问decay ratio/time of the thermostat,ionic and vd Waals summation schemes这两个词是什么意思?
另外如果直接讲影响某蛋白质的作用力的cutoff radius是指rlist、rcoulomb、rvdw这三个吗?
谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2020-2-6 02:45:09 | 只看该作者 Only view this author
Anlan_dawn 发表于 2020-2-6 00:05
您好!我想请教您gromacs相关的问题!
请问decay ratio/time of the thermostat,ionic and vd Waals su ...

decay ratio/time of the thermostat不知道
ionic and vd Waals summation schemes大抵指静电和范德华作用计算方法,看具体语境
看具体用什么方式算非键作用。诸如用PME方式算静电、范德华作用的话,则rcoulomb、rvdw都不会影响结果。对于不同计算非键相互作用的方法,这些参数的具体意义都不同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

47

eV
积分
49

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2020-2-6 12:21:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-6 02:45
decay ratio/time of the thermostat不知道
ionic and vd Waals summation schemes大抵指静电和范德华作 ...

非常感谢您!
我使用的是PME方式,那么cutoff radius是不是就是指rlist?
另外我的ionic and vd waals summation schemes是否就是PME?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2020-2-8 10:04:05 | 只看该作者 Only view this author
Anlan_dawn 发表于 2020-2-6 12:21
非常感谢您!
我使用的是PME方式,那么cutoff radius是不是就是指rlist?
另外我的ionic and vd waals  ...

不是。此时cutoff是实空间部分计算作用距离,rlist是邻居列表范围
否。你先看点基本资料搞懂PME的思想是什么。PME是对周期性体系计算无穷远非键作用的做法。由于静电作用随距离衰减慢(1/r),所以PME通常只用在计算静电作用上。而范德华作用随距离衰减很快(1/r^6),简单截断方式计算就够了,因此一般都不用更昂贵的PME方式算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 15:21 , Processed in 0.232096 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list