求助：cp2k使用CI-NEB方法进行过渡态计算后的末态结构与输入的末态结构有差别

卡卡西永恒

各位老师好，我在Cu13/γ-Al2O3模型上使用CI-NEB方法计算CO2*+H*->HCOO*的过渡态结构，插入5个点，计算完成后最终五个点对应的能量分别为
-2344.301029082      -2344.296466186      -2344.276514243      -2344.286969284      -2344.235308588
呈现出先增后降再增的趋势，那么我是否可以拿第四个点对应的结构作为末态结构进行优化再进行过渡态计算？
还有一个问题就是我发现计算完成后的末态结构与输入的末态结构相比H和CO2其中一个O位置对调了，其他坐标都没有变，这样正常吗？

sobereva

可以。如果你是固定两端结构方式做NEB，则应当先取第4个点做几何优化再做为NEB的端点。

NEB要求每个image的原子顺序一致，原子顺序没理由中途发生变化

卡卡西永恒

sobereva 发表于 2023-11-7 18:06
可以。如果你是固定两端结构方式做NEB，则应当先取第4个点做几何优化再做为NEB的端点。

NEB要求每个imag ...

谢谢sob老师，还有一个问题，我插了5个点，第一个点和最后一个点对应的能量是不是就是我给出的初末态结构的能量呀，但是这个能量和我结构优化初末态后得出的能量有微小的差别，我想画催化反应路径图，不确定用哪个能量进行计算

sobereva

卡卡西永恒 发表于 2023-11-7 20:30
谢谢sob老师，还有一个问题，我插了5个点，第一个点和最后一个点对应的能量是不是就是我给出的初末态结构 ...

如果你要求不对两端结构进行优化，则NEB最后那两个点的能量理应是这样，但前提是和之前计算级别严格相同（包括考虑不具备平移/旋转不变性这种细枝末节的问题）

卡卡西永恒

sobereva 发表于 2023-11-8 12:07
如果你要求不对两端结构进行优化，则NEB最后那两个点的能量理应是这样，但前提是和之前计算级别严格相同 ...

sob老师，在用CI-NEB方法计算完成后，接着想计算振动分析，在创建振动分析输入文件时，是不是要用CI-NEB方法计算出来的能量最高点对应的结构来创建，这个结构是不是就是能量最高点对应pos-replica.xyz文件里的最后一步

sobereva

卡卡西永恒 发表于 2023-11-9 10:40
sob老师，在用CI-NEB方法计算完成后，接着想计算振动分析，在创建振动分析输入文件时，是不是要用CI-NEB ...

如果你是要对过渡态来做，是