如何删除细胞膜疏水区内的水分子

Alan123 · 发表于 Post on 2020-3-2 19:33:59

各位老师，我在给细胞膜填充溶剂的时候，水分子进入了细胞膜的疏水区域，我想着使用脚本文件删除疏水区域的水分子，就是z坐标在一定范围内的水分子，请问大家有没有类似的脚本文件可以实现这一目的。谢谢

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-3-2 20:37:22

参考这个bash脚本，这个是别人的。

snljty · 发表于 Post on 2020-3-2 21:55:18

如果你确实是磷脂分子放好了朝着z轴方向，直接用VMD好了。
Representation里面选择语句选same resid as waters and (z < aa or z > bb) or not water
调节aa和bb，一个选最下层所有水，一个选最上层。不需要太精确。
然后导出坐标，范围和上面的选择语句一样，重新存个pdb就行了。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-3-2 23:20:54

本帖最后由 Alan123 于 2020-3-2 23:27 编辑

liuyuje714 发表于 2020-3-2 20:37
参考这个bash脚本，这个是别人的。

嗯嗯好的，谢谢您，在运行我的gro文件时，脚本出了点小问题，这是我改动了一点的脚本，确实挺好用的

rmWAT.bsh (1.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

Alan123 · 发表于 Post on 2020-3-2 23:31:32

snljty 发表于 2020-3-2 21:55
如果你确实是磷脂分子放好了朝着z轴方向，直接用VMD好了。
Representation里面选择语句选same resid as wa ...

嗯嗯，谢谢您，因为我之前使用VMD选择的时候，如果一个水分子正好处于我选择的边界线上，就会出现有的水分子不完整的情况，所以我才想着用着脚本方便点。应该是我选择的方式不对，我试下您提供的方法

snljty · 发表于 Post on 2020-3-2 23:39:01

Alan123 发表于 2020-3-2 23:31
嗯嗯，谢谢您，因为我之前使用VMD选择的时候，如果一个水分子正好处于我选择的边界线上，就会出现有的水 ...

same resid as或者same residue as可以让残基保持完整。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-3-2 23:46:13

snljty 发表于 2020-3-2 23:39
same resid as或者same residue as可以让残基保持完整。

嗯嗯，我之前确实没有用这个选择命令，那请问正好处在选择的边界线上的分子是在我的选择之内，还是之外呢？

snljty · 发表于 Post on 2020-3-3 00:07:24

Alan123 发表于 2020-3-2 23:46
嗯嗯，我之前确实没有用这个选择命令，那请问正好处在选择的边界线上的分子是在我的选择之内，还是之外呢 ...

只要你的水没进去到磷脂单层的内部，那这个范围选择很随意，在磷脂中间就行了。上下的水还有个别两层之间的水，这三种水距离挺远的。如果其他位置还有很少的水，再手动改一改范围就好

Alan123 · 发表于 Post on 2020-3-3 00:19:16

snljty 发表于 2020-3-3 00:07
只要你的水没进去到磷脂单层的内部，那这个范围选择很随意，在磷脂中间就行了。上下的水还有个别两层之间 ...

嗯嗯好的，谢谢啦

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