高斯加速分子模拟GaMD水盒子变形

dimoo

各位老师，我运用GaMD的方法对一个蛋白质进行模拟想要探索该蛋白不同的构象空间，目前尚在GaMD的平衡阶段，监测后发现水盒子发生了变形，不清楚是什么原因导致的，以下是我的参数设置和水盒子的状态：
imin = 0, irest = 0, ntx = 1,
nstlim = 25000000, dt = 0.002,
ntc = 2, ntf = 2, tol = 0.000001,
iwrap = 1, ntb = 1, cut = 12.0,
ntt = 3, temp0 = 300.0, tempi = 300.0,
ntpr = 5000, ntwx = 5000, ntwr = 5000,
ig = -1,
igamd = 3, iE = 1, irest_gamd = 0,
ntcmd = 1000000, nteb = 24000000, ntave = 200000,
ntcmdprep = 200000, ntebprep = 800000,
sigma0P = 6.0, sigma0D = 6.0



(一直显示图片太大无法上传）

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1.也許前面NPT 等等平衡不OK 或是一開始起始結構很怪都會導致這樣的情況..假如是NPT 檢查一下density
2.我最近也遇到相關的問題 我是先使用openmm 進行NPT 平衡後再把檔案餵給pmemd.cuda進行gamd

fhh2626

明显是压强没平衡，盒子中间有个气泡

dimoo

感谢两位的回复，确实是体系没平衡好，问题已经解决