求助genmer生成团簇中原子的朝向问题

pengzh · 发表于 Post on 2020-3-9 20:00:33

请问genmer生成团簇的时候，团簇中原子朝向是杂乱的，如何直接生成有规律的原子朝向调的团簇呢？
如图举个例子：中心原子是金属原子M，外围是以BH整体来生成的，但是生成的BH朝向是杂乱的，我希望B在内层M而H在最外层。如图，一个是genmer生成的无序的情况，另一个是我生成只有M和B的团簇，然后在MB延长线上加H得到的。
求助，这种情况该如何操作？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-9 20:52:15

没法设置朝向。可尝试设置genmer.ini，让氢距离中心距离较远分布。不过这样有可能有的氢会形成氢气跑掉
更好的做法是先手动摆出一种大致靠谱的氢在B上面的构型，然后高温跑MD轨迹（用xtb实现就不错），然后用molclus处理，过程参考
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-3-10 04:54:02

先生成只有硼的模型，然后在M-B方向上延伸一个B-H键长创建氢原子。用excel就可以实现

pengzh · 发表于 Post on 2020-3-10 09:06:56

sobereva 发表于 2020-3-9 20:52
没法设置朝向。可尝试设置genmer.ini，让氢距离中心距离较远分布。不过这样有可能有的氢会形成氢气跑掉
更 ...

谢谢，sob老师。第一个确实会形成一些氢气跑掉。那我学习一下第二个吧。

pengzh · 发表于 Post on 2020-3-10 09:08:46

liyuanhe211 发表于 2020-3-10 04:54
先生成只有硼的模型，然后在M-B方向上延伸一个B-H键长创建氢原子。用excel就可以实现

第二张图就是先生成MB的模型，再用excel建立H坐标贴上去实现的

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-3-10 13:03:30

pengzh 发表于 2020-3-10 09:08
第二张图就是先生成MB的模型，再用excel建立H坐标贴上去实现的

之前没有注意有这张图。
这样做有什么问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-11 11:44:23

关于VMD显示的键连问题看下文，不要被显示的键连关系影响了判断
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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