如果要得到gmx的拓扑文件，现在有了.mol2文件后，如何使用acpype命令？

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-10 09:56:36

本人想得到gmx的拓扑文件，现在已经有了蛋白结构的.mol2文件，那么如何使用acpype得到它的GMX拓扑文件呢？该使用什么命令啊？我从acpype中没看懂它的输入和输出，恳请各位指教。

snljty · 发表于 Post on 2020-3-10 10:12:17

本帖最后由 snljty 于 2020-3-10 10:15 编辑

先确定你安装好了Ambertools里面的相关工具。
./acpype.py -h
然后你就都知道了。
输入文件是-i后面的参数。
-n后面是净电荷，默认是0。
-c是电荷获取方式，-c user可以不算电荷，自己补充。
acpype.py里面的

self.ekFlag = ''

复制代码

改成

self.ekFlag = '-ek maxcyc=0'

复制代码

可以不做优化。

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-10 10:38:55

snljty 发表于 2020-3-10 10:12
先确定你安装好了Ambertools里面的相关工具。
./acpype.py -h
然后你就都知道了。

非常非常感谢你，学到了。

我想再请教一下，你最后说的acpype里改成self.ekFlag = '-ek maxcy=0'是要进行优化的意思吗？如果不做优化，acpype文件中这个参数就不用改对吧？

snljty · 发表于 Post on 2020-3-10 10:44:14

hddonghao 发表于 2020-3-10 10:38
非常非常感谢你，学到了。我想再请教一下，你最后说的acpype里改成self.ekFlag = '-ek maxcy=0 ...

反了，默认是做优化的。

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-10 10:49:36

snljty 发表于 2020-3-10 10:44
反了，默认是做优化的。

嗯嗯，明白了，谢谢你。
我刚才试验了一下，使用了acpype -i Lig.mol2 -c user -o gmx命令，但是得到的结果是ERROR: no 'antechamber' executable!
==> Executing Antechamber...
ACPYPE FAILED: 'ACTopol' object has no attribute 'acMol2FileName'
请问这是什么原因呢？

snljty · 发表于 Post on 2020-3-10 11:13:16

hddonghao 发表于 2020-3-10 10:49
嗯嗯，明白了，谢谢你。
我刚才试验了一下，使用了acpype -i Lig.mol2 -c user -o gmx命令，但是得到的 ...

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