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[GROMACS] 未对分子添加位置限制,模拟过程中,分子不能在盒子内运动,如何解决?

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老师,我在模拟笼状分子对于水分子的包裹作用,使用acpype产生笼状分子的top结构,使用RESP.sh脚本计算了resp静电势,手动在笼状分子内部添加了两个水分子,然后使用GMX进行分子动力学模拟,该模拟系统的盒子很大,且系统中只有一个笼状分子,但是在最后产生的轨迹文件中,我发现模拟的分子只是在原地进行运动,并没有在整个盒子内进行运动,请问这个情况应该如何处理呢?谢谢
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发表于 Post on 2020-3-14 18:37:46 | 只看该作者 Only view this author
默认是comm-mode=linear消除整体平动,显然不会动
而且模拟这个问题本来也没有任何必要需要让体系在盒子里动
另外,这种问题完全没必要在周期性条件下模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-14 19:52:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-14 18:37
默认是comm-mode=linear消除整体平动,显然不会动
而且模拟这个问题本来也没有任何必要需要让体系在盒子里 ...

嗯嗯,谢谢老师,我还有一个问题,就是我想探究水分子会不会离开这个分子笼,如果不让体系在盒子中运动,那么最后的结果能说明该笼状分子对于水分子具有封闭的作用吗?

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发表于 Post on 2020-3-14 20:44:28 | 只看该作者 Only view this author
Alan123 发表于 2020-3-14 19:52
嗯嗯,谢谢老师,我还有一个问题,就是我想探究水分子会不会离开这个分子笼,如果不让体系在盒子中运动, ...

研究分子笼和盒子完全没有丝毫关系。你只需要关注你研究的分子,完全不用管盒子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-14 21:55:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-14 20:44
研究分子笼和盒子完全没有丝毫关系。你只需要关注你研究的分子,完全不用管盒子。

嗯嗯好的,了解了,谢谢老师

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