如何提升gromacs的计算效率？

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-4 20:48:11

我用的是gromacs是MPI版，今天演算了一个五万原子，200ps的nvt平衡（gmx_mpi mdrun -deffnm npt -ntomp 12 -pin on），计算速度只有7ns/day，实际用时1h。而体系实际上需要进行50ns的nvt平衡，我觉得这样计算太慢了，查阅了相关帖子，然后参考 GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html 这篇帖子试着写了几个命令，但都报错说-pme -pcme 之类的命令无效，报错信息如下图，请问老师这是什么原因导致的，有没有什么办法可以提高计算速度。另外24核的MPI版-np 4和-ntmpi 4 -ntomp 6有区别吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-5 14:59:51

别用那么老版本，性能不如新版本
而且没事甭用MPI版，本来编译就更麻烦，速度还不如默认用的thread_MPI和OpenMP混合并行
-ntmpi 4 -ntomp 6利用24核并行，而-np 4只利用4核并行

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