求助：关于计算蛋白-蛋白结合能的疑惑

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-7 19:50:11

本帖最后由 dinghongming 于 2020-4-9 10:06 编辑

我用mmpbsa方法对两个蛋白结合能进行计算，其中蛋白A带很多正电，蛋白B带少量负电。
得到的结果发现mm中的ELE（真空静电能）特别大，然后做能量分解时发现蛋白B中只要是带负电的残基能量贡献都很大，哪怕负电残基离结合位点很远。
另外，如果蛋白A和蛋白B结合能力很强，是意味着两者整体的结合能低，还是指两者在结合位点处的结合能低呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-7 20:48:23

MM-PBSA的结果看个大概就行了，不必深究

puzhongji · 发表于 Post on 2020-4-7 22:19:45

本帖最后由 puzhongji 于 2020-4-7 22:29 编辑

负电残基离结合位点很远也有很大的贡献，根据经验，计算参数不合理。

1. 没有说明用的什么软件计算的MMPBSA。
2. 没有说明用的什么参数。

判断不出问题所在。

解决方案：
1. 使用MMGBSA方法；
2. MMPBSA方法下不同参数组合和能量分解，结果保证不会出现远离结合位点的残基也有很大的能量贡献。

结合能贡献主要在结合位点残基上，才初步说明这个结果可以试着分析。

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-8 12:43:54

本帖最后由 dinghongming 于 2020-5-26 11:45 编辑

fhh2626 发表于 2020-4-7 20:48
MM-PBSA的结果看个大概就行了，不必深究

谢谢您的回复！

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-8 13:01:15

本帖最后由 dinghongming 于 2020-5-26 11:46 编辑

puzhongji 发表于 2020-4-7 22:19
负电残基离结合位点很远也有很大的贡献，根据经验，计算参数不合理。

1. 没有说明用的什么软件计算的MMP ...

感谢您的回复！我跑MD用的是gromacs,然后用g_mmpbsa算的，相关参数基本上都是参考的这个网页里面的（https://github.com/RashmiKumari/ ... asa_orig/mmpbsa.mdp）。
我还把溶质介电常数设为4也试了下，效果也不好（蛋白B远端带电残基贡献还很大，还是ELE较大导致）。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-9 09:01:13

dinghongming 发表于 2020-4-8 12:43
谢谢您的回复！我主要想请教的是，一个带很多净电荷的蛋白周围有很多反离子，在计算真空中蛋白-蛋白静电 ...

MM-XBSA框架下考虑不了这个

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