请问怎样在高斯中画（NH4）H2PO4分子？

茗漾696 · 发表于 Post on 2020-4-21 11:02:13

想要优化（NH4）H2PO4分子，请问怎样在高斯中画出（NH4）H2PO4分子？

hakuna · 发表于 Post on 2020-4-21 11:58:58

本帖最后由 hakuna 于 2020-4-21 12:17 编辑

考虑NH3和H3PO4间通过氢键连起来就行，注意P和N不要太近的情况下尽可能多氢键。
譬如

茗漾696 · 发表于 Post on 2020-4-21 13:02:02

hakuna 发表于 2020-4-21 11:58
考虑NH3和H3PO4间通过氢键连起来就行，注意P和N不要太近的情况下尽可能多氢键。
譬如

你好，图中虚线那两部分距离应该是多少呢？怎么设成氢键，直接把两个原子用虚线连起来就可以吗？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-4-21 13:10:27

茗漾696 发表于 2020-4-21 13:02
你好，图中虚线那两部分距离应该是多少呢？怎么设成氢键，直接把两个原子用虚线连起来就可以吗？

凭感觉，没感觉就去查查N...H...O氢键的正常距离。
不存在“设成氢键”这个说法，看 http://sobereva.com/414

snljty · 发表于 Post on 2020-4-21 14:22:16

如果你是算核磁，这个模型应该肯定是不靠谱的。

茗漾696 · 发表于 Post on 2020-4-21 15:01:01

snljty 发表于 2020-4-21 14:22
如果你是算核磁，这个模型应该肯定是不靠谱的。

是要算核磁。想要在高斯中先画出结构优化，再算核磁，你说的模型不靠谱是指的哪个模型呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-21 17:48:58

没基本化学直觉的话直接用genmer产生初始结构就完了，用起来很简单，只需要提供单体的xyz文件就能给你二聚体或者多聚体的初始结构，结合molclus还可以做构型搜索，以保证优化到的是全局最小点。详见：
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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