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[GROMACS] 使用GMX进行模拟的时候,并行计算的核数和内存会对最终的结果产生影响吗?

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楼主
老师,我最近提交了一个计算,在周期性体系中,观察笼状分子对于离子的包裹行为。我发现如果我提交任务时使用的的核数较大(40核),多次模拟发现离子一般在100ps之后出笼子,但是如果我提交任务的时候使用的核数较小(20核且有别人的任务在计算),多次模拟发现离子一般在100ps之内出笼子,所以我就很疑惑,这两个结果哪个更加可靠?并行计算的核数和所用的内存会不会对MD的结果产生影响呢?

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发表于 Post on 2020-4-25 01:02:07 | 只看该作者 Only view this author
这有随机性,原理上和用的核数多少没有必然关系。仔细看此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 12:40:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-25 01:02
这有随机性,原理上和用的核数多少没有必然关系。仔细看此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http:/ ...

嗯嗯好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2020-4-25 15:42:14 | 只看该作者 Only view this author
对收敛的平衡模拟结果是没有影响的
对非平衡模拟可能有影响

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 20:53:00 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2020-4-25 15:42
对收敛的平衡模拟结果是没有影响的
对非平衡模拟可能有影响

谢谢您,我有种恍然大明白的感觉了

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