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[GROMACS] gromacs怎样构建配体附近5A内水分子的索引组

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请问使用gromacs, 我在轨迹文件中如何选中配体附近5A内的水分子。

我的蛋白空腔中几个结合水,我认为我的配体能够和结合水形成氢键和蛋白结合。希望能够计算配体以及含有结合水的蛋白之间的结合能。

我想请问如何在轨迹中选中配体5A内的水分子?或者说怎么建配体5A内水分子的索引组?

有帖子建议用trjorder命令,但是说实话手册上内容较少,没有看明白,大佬求指教

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发表于 Post on 2020-4-26 02:10:49 | 只看该作者 Only view this author
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我个人一般习惯用VMD导出特定选区的序号

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