请教分子动力学运算大分子体系时长问题

大王雷 · 发表于 Post on 2020-5-13 07:47:00

各位老师好，我打算用羧甲基淀粉和脱氧胆酸（结构式如下图）作为载体材料，姜黄素（结构式如下图）作为药物，拟用全原子动力学分析载体胶束形成与载体对药物的包埋和释放，现有问题如下：
（1）因为羧甲基淀粉和脱氧胆酸在形成载体时会呈现核-壳结构，作为药物的姜黄素就会被包埋在里面，如果想用全原子分子动力学去模拟这样的核-壳结构的形成与药物的包埋与释放，如果用超算中心的服务器的话需要大概多长时间呢？
（2）因为淀粉是有支叉结构的，比如我用羧甲基去取代，作用于a-1,4糖苷键或者a-1,6糖苷键使取代后的分子具有代表性，这个用模拟技术可以实现吗？
老师，请问对于以上问题有可以参考的大概参数或者相关思路吗？感谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-14 14:49:24

不知道怎么做的时候先去搜文献，运载药物分子的模拟应该有前人已经做过，弄清楚大概需要多少原子、通常跑多少ns，才稍有可能把计算耗时估计准确在一个数量级以内

大王雷 · 发表于 Post on 2020-5-14 18:37:13

好的，谢谢老师解答

大王雷 · 发表于 Post on 2020-5-14 20:12:10

老师，请问用MD和DPD可以通过控制pH条件来看载体的变化情况吗

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[综合交流] 请教分子动力学运算大分子体系时长问题

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