求助：关于使用伞形抽样计算PMF

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-29 18:34:18

我在使用伞形抽样计算PMF的过程中遇到了一些问题求助一下大家。
1.在进行质心恒定距离模拟的时候，mdp文件中限制了在X方向的距离不变，但是在YZ方向同样会产生移动，从而会使得质心距离变化，这会不会对计算结果产生影响？
2.使用gmx wham计算PMF过程中，横坐标是质心间的直线距离还是限制方向（X）的距离。

diaok · 发表于 Post on 2020-4-30 09:45:10

看你想研究的反应坐标是什么，怎么采样的就怎么分析
质心距离不同的球面面积还会导致熵不同

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