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[GROMACS] (已解决)请教一些各位大佬gromacs计算乙醇的自由能步骤是什么

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本帖最后由 Lance先生 于 2024-8-23 14:53 编辑

各位大佬好,我是刚接触gromacs的新手,现在我需要计算乙醇分子的自由能,现在做完了能量最小化,NVT,NPT,接下来需要计算什么?我有点没头绪,请各位大佬指教一下,谢谢各位大佬。
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发表于 Post on 2023-8-30 23:52:17 | 只看该作者 Only view this author
说清楚具体什么自由能,是气态乙醇分子的自由能,还是乙醇液体的自由能,还是溶解自由能之类

做NVT完全是多余的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 14:34:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-30 23:52
说清楚具体什么自由能,是气态乙醇分子的自由能,还是乙醇液体的自由能,还是溶解自由能之类

做NVT完全 ...

社长您好,我是做液态乙醇分子的。还有您说的,为什么做NVT是多余的步骤,我有点没太懂,谢谢您。
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发表于 Post on 2023-8-31 15:01:57 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-8-31 14:34
社长您好,我是做液态乙醇分子的。还有您说的,为什么做NVT是多余的步骤,我有点没太懂,谢谢您。

没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了,做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)中我也做了明确强调:




按公式计算
< >代表时间平均,E对应势能+动能,用gmx energy可以提取





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 15:17:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 15:01
没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了,做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了,北京科 ...

社长您好,那我这个液态乙醇体系现在做完NPT之后应该咋处理才能得到这个体系的自由能,我没有一点头绪了,您能指导一下吗?谢谢您了。
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发表于 Post on 2023-8-31 15:33:27 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-8-31 15:17
社长您好,那我这个液态乙醇体系现在做完NPT之后应该咋处理才能得到这个体系的自由能,我没有一点头绪了 ...

不都说了用gmx energy提取数据...

这都不会的话建议通过前述培训班系统性学一遍,没任何背景知识说不明白
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 15:36:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 15:33
不都说了用gmx energy提取数据...

这都不会的话建议通过前述培训班系统性学一遍,没任何背景知识说不 ...

好的,谢谢社长。
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发表于 Post on 2023-10-17 08:47:47 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-8-31 15:36
好的,谢谢社长。

您好,那个用gmx energy算出来自用能了嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 17:18:25 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-10-17 08:47
您好,那个用gmx energy算出来自用能了嘛

这个代码是提取体系的总能量的,代入公式可以计算出来
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发表于 Post on 2023-10-18 23:21:43 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-10-18 17:18
这个代码是提取体系的总能量的,代入公式可以计算出来

具体是哪个公式呢,需要用gmx energy里面的哪个能量板块,可以帮我解答下嘛,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 15:28:41 | 只看该作者 Only view this author
楼上社长回复了兄弟,提取体系的能量,带到那个公式里面
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 15:30:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 15:01
没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了,做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了,北京科 ...

社长您好,这个公式里面关于时间平均的那一部分,如果除以总时间的话,量纲是不是有问题了呢?
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发表于 Post on 2023-11-1 08:40:00 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-10-31 15:30
社长您好,这个公式里面关于时间平均的那一部分,如果除以总时间的话,量纲是不是有问题了呢?

实际中计算不是除以时间,而是除以帧数(本身计算分子部分就是所有帧的加和),所以没量纲问题
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sobereva 发表于 2023-11-1 08:40
实际中计算不是除以时间,而是除以帧数(本身计算分子部分就是所有帧的加和),所以没量纲问题

社长您好,那这个帧数应该怎么查看呢?还有就是想问问您,算一堆有机小分子的话,比如乙醇,甲醇等,计算可以批量进行吗?如果可以的话, 应该如何做?
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发表于 Post on 2023-11-2 05:18:39 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-1 23:05
社长您好,那这个帧数应该怎么查看呢?还有就是想问问您,算一堆有机小分子的话,比如乙醇,甲醇等,计算 ...

帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量
原理上,只要是能通过纯命令行干的事情,自己写shell脚本总能实现批量。没shell脚本编写常识的话可以看下文里的一些信息
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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