求助水球倾斜碰撞问题

961106 · 发表于 Post on 2020-5-5 17:25:50

老师您好，我在做两个水球的碰撞，之前让两个含有钠离子的3nm半径的水球沿直线对撞，两个球的速度分别为(0,0,1),(0,0,-1),发现可以成功碰撞，但是我现在在x轴或y轴上再给两个水球添加一个速度，(1,0,1),(1,0,-1)，想让两个水球以一定角度倾斜撞击，但是模拟结果却显示两个水球还是沿直线碰撞，在x轴上并没有移动，感觉添加的x方向的速度失效了，请问老师这是为什么呢？谢谢老师
我的盒子是30nm半径的立方体，这是我的nvt.mdp文件
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 5000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 10
nstvout = 10
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 10
nstxout-compressed = 0
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
rlist = 14
nstlist = 14
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 14
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 14
DispCorr    = no

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-6 08:43:41

两个水球X方向都是+1，相当于没有X方向的相对运动，这么设置没有意义

961106 · 发表于 Post on 2020-5-6 17:27:51

sobereva 发表于 2020-5-6 08:43
两个水球X方向都是+1，相当于没有X方向的相对运动，这么设置没有意义

谢谢老师的解答，您的意思是说这两个球在一个方向上速度大小相同，就会默认在这个方向上没有移动是吗？请问老师我如果想实现这种测撞还可以用什么办法呢？谢谢老师

mol · 发表于 Post on 2020-5-6 20:36:49

lz给这两个水球一个初速度还是用pull code一直拉呀

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-7 08:43:33

961106 发表于 2020-5-6 17:27
谢谢老师的解答，您的意思是说这两个球在一个方向上速度大小相同，就会默认在这个方向上没有移动是吗？ ...

X速度都一样，相当于X方向上二者都是相对静止的。如果你让gmx自动消除整体平动转动了，那么这么设置X速度和没设完全一样。如果开了消整体运动，关掉后应当能看到你想看到的现象。

961106 · 发表于 Post on 2020-5-7 12:11:43

sobereva 发表于 2020-5-7 08:43
X速度都一样，相当于X方向上二者都是相对静止的。如果你让gmx自动消除整体平动转动了，那么这么设置X速度 ...

谢谢老师，再打扰一下，请问老师如何关闭消除整体平动和转动呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-7 21:15:18

961106 发表于 2020-5-7 12:11
谢谢老师，再打扰一下，请问老师如何关闭消除整体平动和转动呢？

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