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[Material Studio] 求助不同晶胞大小的MSD问题

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楼主
大家好,我用两种高分子构建了两个不同的晶胞,由于高分子存在略微不同,导致了AC+NPT之后晶胞大小不一。较为疏水的分子晶胞较大,亲水的较小,二者相差2埃左右。动力学计算与水的相互作用后分析结果。根据实验结果,我觉得疏水的晶胞MSD-t的斜率似乎应该高一些,但结果恰恰相反。请问是由于晶胞大小差异的原因吗?还是我对MSD理解有些问题,请大家不吝赐教。谢谢。

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发表于 Post on 2020-5-19 23:53:27 | 只看该作者 Only view this author
跟晶胞大小没必然关系,除非晶胞本身就太小,还没能达到 MSD~晶胞尺寸 的收敛阶段

可以把晶胞尺寸再设大一些再对比,如果发现结论不怎么受晶胞尺寸影响,再去从模拟参数、力场、统计误差等等其它层面考虑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-20 08:15:34 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,我的按您的方法再试一试。另外我现在的晶胞立方体边长40埃左右,它满足达到MSD~晶胞尺寸 的收敛阶段的条件吗?

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发表于 Post on 2020-5-21 07:53:24 | 只看该作者 Only view this author
平安 发表于 2020-5-20 08:15
谢谢老师,我的按您的方法再试一试。另外我现在的晶胞立方体边长40埃左右,它满足达到MSD~晶胞尺寸 的收敛 ...

没法一概而论,和体系关系很大。通常单个分子越大,盒子就应该越大。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 08:32:21 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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