求助：如何通过研究自由能说明高分子与小分子结合的稳定性

yihanxu · 发表于 Post on 2020-4-3 13:21:06

本帖最后由 yihanxu 于 2020-4-2 23:28 编辑

老师好，我用MD研究显式溶剂中的高分子和小分子是否能稳定的结合。测试了几种高分子，只有一种是能与这种小分子自始至终稳定结合在一起（20 ns），其他的高分子与小分子都会发生分离的现象。我讨论了高分子与小分子的non-bonded interaction energy,但审稿人说不能只讨论这种势能，应该研究Gibbs free energy: G = potential energy +kinetic energy + PV -TS，（“It does not make sense in the NPT ensemble by only discussing the potential energy without considering the entropy term.”）所以想请教老师：如何通过研究自由能说明问题呢，包括能说明什么问题、怎样设计模拟过程和需要什么数据来说明问题？而且在MD中若是已经观察到高分子与小分子会发生分离现象，是否能说明高分子并没有结合小分子的能力，这样的话还有必要研究G吗？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-3 13:26:50

没有结合能力的就完全不需要再算G，除非想从热力学角度上再对这种模拟现象进行解释
如果只用nonbond能量去对照MD的稳定性，原理上是不妥的，自由能才与这个有关

yihanxu · 发表于 Post on 2020-4-3 14:04:25

sobereva 发表于 2020-4-2 23:26
没有结合能力的就完全不需要再算G，除非想从热力学角度上再对这种模拟现象进行解释
如果只用nonbond能量去 ...

谢谢老师。我研究了真空和溶剂环境下分子间的nonbond能量，观察了一下由真空到溶剂环境后nonbond能量的变化，请问nonbond能量还可以怎样分析呢？另外，在溶剂中的时候，nonbond吸引作用越强可以说明分子间吸引就越强吗？我展示的数据类型主要有non-bonded interaction energy、能量分解、物质间距离的变化、高分子周围的小分子数目，如果希望文章质量更高一些或者更有内容，可以问问老师有什么建议吗？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-4 04:56:25

yihanxu 发表于 2020-4-3 14:04
谢谢老师。我研究了真空和溶剂环境下分子间的nonbond能量，观察了一下由真空到溶剂环境后nonbond能量的变 ...

可以分解为范德华和静电作用。实际上范德华作用还可以分解为色散和交换互斥作用，只不过gmx不会给你分解（但可以在rerun前把atomtypes中相关的C6或C12参数设为0来进行分离考察）

具体还能怎么说明看具体情况，基本上能用的在已有的相关文献里肯定都有出现。还觉得不够就多看相关文章。

yihanxu · 发表于 Post on 2020-5-20 14:49:08

老师好，如果用GROMACS计算，请问压力乘以体积（即PV）在NPT系综是常数吗？△G =△A 吗？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-21 07:48:40

yihanxu 发表于 2020-5-20 14:49
老师好，如果用GROMACS计算，请问压力乘以体积（即PV）在NPT系综是常数吗？△G =△A 吗？
谢谢老师！

不是
压力会不断变化，如果是NPT，V也会不断变化

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