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[Gaussian/gview] win10 WSL下运行高斯G16, 速度很慢,求助可能的原因

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大家好,我之前有通过win应用商店在win10里装wsl下Ubuntu 20.04(默认在系统C盘), 运行g16算东西还可以,后来系统盘不够,就卸载了,重新在D盘装了wsl-Ubuntu,觉得很慢,之前3分钟算完的job,D盘这边要算100min(用同样的输入文件),奇怪的是输出文件里 job cpu time 还是3min。
C,D盘同属一块SSD。拷文件测试了速度,在win下和wsl-Ubuntu下相差不多。
WSL重新装回系统C盘再算,也快不了了(也要100多分钟),郁闷。
-M- 2GB
-P- 4 都一样。

各位有没有类似的经历,实际电脑算的时间和log文件里的cup time区别很大。请大家指点可能的原因和思路。
---------更新:-----------
发现比之前算的时候 好像多了两个连号pid:
之前我记得没有sh和g16这两个进程

----------gmf 再更新:------
又跑的一个任务,out文件生成时间与最后写入时间信息与其内容:(elapsed time 33min < real time 50min, why?)

111无标题.png (41.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

3个连号pid,之前好像只有一个,没有sh和g16

3个连号pid,之前好像只有一个,没有sh和g16

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发表于 Post on 2020-6-11 07:50:02 | 只看该作者 Only view this author
计算时间的差异可能C盘是固态硬盘,D盘是机械硬盘的缘故。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 08:02:38 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2020-6-11 07:50
计算时间的差异可能C盘是固态硬盘,D盘是机械硬盘的缘故。

C,D盘同属一块SSD。拷文件测试了速度,在win下和wsl-Ubuntu下相差不多。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 08:07:52 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2020-6-11 07:50
计算时间的差异可能C盘是固态硬盘,D盘是机械硬盘的缘故。

并且,top命令看到的时间100多分钟,然而 log文件里写的cpu time 只有3min多

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发表于 Post on 2020-6-11 08:56:57 | 只看该作者 Only view this author
ls1248 发表于 2020-6-11 08:02
C,D盘同属一块SSD。拷文件测试了速度,在win下和wsl-Ubuntu下相差不多。

这么说来,高斯计算还是在Linux环境下好使!

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发表于 Post on 2020-6-11 09:20:56 | 只看该作者 Only view this author
ls1248 发表于 2020-6-11 08:07
并且,top命令看到的时间100多分钟,然而 log文件里写的cpu time 只有3min多

可能是运算的时候写的核心数超过了实际物理核心数吧,在写输入文件的时候%nprocshared=n,n不能大于物理核心数。不然会很慢,这是老生常谈的问题了。
top命令查看的是cpu时间,就是比如你写%nprocshared=20,满载运行了5min这里显示的是就是1:40:00。因为高斯运行不同模块用的进程号是一个。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 13:39:10 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-6-11 09:20
可能是运算的时候写的核心数超过了实际物理核心数吧,在写输入文件的时候%nprocshared=n,n不能大于物理 ...

问题描述里有说,其它条件都没变。 <-M- 2GB    -P- 4> 没有变过。实际跑的时间也差不多100/4=25min,top怎么算都远大于3min

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发表于 Post on 2020-6-11 13:43:01 | 只看该作者 Only view this author
上传输入输出文件看看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 13:43:15 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-6-11 09:20
可能是运算的时候写的核心数超过了实际物理核心数吧,在写输入文件的时候%nprocshared=n,n不能大于物理 ...

并且核心4个也没超,我各种测试,控制变量,死活找不到原因。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 14:34:23 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-6-11 13:43
上传输入输出文件看看?

这个电脑上没有, 但最新有个发现,我传了一个top截图,你看看正常不,3个进程一直存在,之前我记得好像只有一个。

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发表于 Post on 2020-6-11 17:37:48 | 只看该作者 Only view this author
1.win10现在WSL更新到WSL2了,原来WSL好像是真实的主机,到了WSL2是虚拟的了。
2.是不是现在运行Gaussian的时候你在win里面也运行其他东西,WSL实际可支配CPU时间有一部分其实是分配给了win.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 01:30:54 | 只看该作者 Only view this author
叫个啥名字呢 发表于 2020-6-11 17:37
1.win10现在WSL更新到WSL2了,原来WSL好像是真实的主机,到了WSL2是虚拟的了。
2.是不是现在运行Gaussian ...

e有这个可能,不过,外边只开也chrome浏览器,用的是wsl1.
另外就算分给别的win进程一些时间片, elapsed time 不也应该和实际 out文件的创建-最后写入时间差 接近吗?

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