NVT模拟，跑出来温度和thermostat设定的不一样

agent99 · 发表于 Post on 2017-4-6 01:15:33

NVT模拟，控温的命令如下

fix 1 DYN nvt temp 298. 298. 100

fix 2 DYN rattle 1e-6 500 0 m 1.008 b 15 a 24

DYN是之前定义的一个group，整个体系除了DYN还有另外一个整体被冻结的group。DYN里某些自由度也用SHAKE冻结，如第二行所示

按说跑出来的温度应该是298K，但输出文件里显示的温度稳定在160K左右。请问可能是什么问题？会不会和冻结了一些自由度有关？

agent99 · 发表于 Post on 2017-4-7 03:34:11

问题已解决

Dlut灬闻 · 发表于 Post on 2018-1-17 16:12:32

请问，是怎么解决的呢? 目前也遇到此问题，谢谢。

agent99 · 发表于 Post on 2018-1-18 01:24:52

Dlut灬闻发表于 2018-1-17 02:12
请问，是怎么解决的呢? 目前也遇到此问题，谢谢。

就是程序输出温度的时候把冻结的自由度也算进去了，所以比设定的温度低。你反推一下就知道温度对不对了。

ArbitraryDt · 发表于 Post on 2020-6-6 16:47:52

那要怎么设置啊，将得到的温度与实际温度的差值加到设定温度上吗？

agent99 · 发表于 Post on 2020-6-8 06:35:23

ArbitraryDt 发表于 2020-6-6 02:47
那要怎么设置啊，将得到的温度与实际温度的差值加到设定温度上吗？

如果你有部分原子是冻结的，那么就把得到的温度除以没有冻结的原子数再乘以总原子数

vayne · 发表于 Post on 2020-6-11 08:55:55

您好，请问在NVT控温时出现“lost atoms”该如何解决？期待您的建议。详情链接在下方。

请问lammps在NVT控温时出现“lost atoms”的错误该如何解决？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=13142
(出处: 计算化学公社)

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