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[GROMACS] 求助:gromacs执行npt预平衡时生成的npt.edr文件消失,无法查看压力和密度变化

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本帖最后由 Wcp 于 2022-12-7 10:57 编辑

1. 配置(系统环境:ubuntu20.04.5 LTS 64位,处理器:8代i5,显卡:gtx1050,显卡驱动:nvidia driver 510,cuda版本:10.2,gromacs版本:2019.6,cmake版本:3.16.3,python版本:3.8.10)
2. 在执行nvt预平衡时,平衡时间1ns,可正常生成nvt.edr文件,并执行gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
3. 但执行npt预平衡时,平衡时间5ns,刚开始可以正常生成npt.edr文件,但大约半小时后npt.edr、npt.log文件自动消失,整个平衡过程结束也无npt.edr和npt.elog出现,导致无法执行gmx energy -f npt.edr -o pressure(density).xvg

请问各位老师这是什么原因导致?该如何解决?谢谢。

npt.mdp参数如下:





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发表于 Post on 2022-12-7 11:43:11 | 只看该作者 Only view this author
不是GROMACS的问题,是操作系统层面的问题,检查有没有什么特殊设置、计划任务之类会自动删文件。死活搞不明白干脆重装一次系统
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 11:50:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 11:43
不是GROMACS的问题,是操作系统层面的问题,检查有没有什么特殊设置、计划任务之类会自动删文件。死活搞不 ...

老师好。
在执行nvt平衡时,步数设置在50000时可正常生成.edr和.log文件,且不消失
而且在npt(1ns)和最终md(50ns)模拟过程中,生成的.edr和.log文件不存在消失问题,而且在运行中也可随时调用取log文件

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