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[GROMACS] 求助mdp文件中关于邻居列表的距离设定问题

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我在运行最后一步生成相的时候出现的warning,由于warning太多导致运行不了。根据提示是让我更改mdp中的一个选项,我改了rlist,改了rcoulomb和rvdw,但是错误还是没变,想问问应该改mdp文件中的哪一项。我的体系是一个大概1500个数左右有机短链醇分子构成的盒子,盒子大小6*6*18nm,分子经过能量最小化和npt过程后置于盒子中间,上下层为真空。

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warning提示

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发表于 Post on 2020-6-11 22:27:10 | 只看该作者 Only view this author
平衡相能跑,没理由相同设定下产生相跑不了
如果都还没跑平衡相,可能的因素太多,诸如结构太烂、拓扑信息有问题、mdp里某些设置不合理等等,不是光改mdp某个参数就必然能解决的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 09:38:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-11 22:27
平衡相能跑,没理由相同设定下产生相跑不了
如果都还没跑平衡相,可能的因素太多,诸如结构太烂、拓扑信息 ...

好的,谢谢社长解答

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