计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9165|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 系综平衡时需要对水施加位置约束吗

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

51

eV
积分
60

Level 2 能力者

大佬们,我现在在做钙调细胞,但是我发现前辈的在top文件里面加入了对水的位置约束,但我从手册里学到的是只对大蛋白质分子进行约束在进行npt和nvt平衡,所以这是为什么啊。
体系很简单,就是在水里加入钙调细胞还有Cl和Na.
非常感谢。

约束.PNG (9.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

约束.PNG

222

帖子

5

威望

2587

eV
积分
2909

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2020-6-23 16:01:42 | 只看该作者 Only view this author
这个限制部分实际上并没有使用,除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2020-6-23 17:24:44 | 只看该作者 Only view this author
你要弄清楚什么叫预处理指令
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1171

帖子

7

威望

6858

eV
积分
8169

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2020-6-23 21:38:52 | 只看该作者 Only view this author
几乎所有的主流分子动力学软件都可以

9

帖子

0

威望

51

eV
积分
60

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-24 14:53:08 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-6-23 16:01
这个限制部分实际上并没有使用,除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

非常清楚,我顿悟了,感谢感谢

9

帖子

0

威望

51

eV
积分
60

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-24 14:53:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-23 17:24
你要弄清楚什么叫预处理指令

感谢老师,一下全理清了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 23:05 , Processed in 0.166492 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list