拟合静电势电荷和Amber力场问题求助

yogurt · 发表于 Post on 2020-6-21 00:31:30

请问我在PDB网站下载了个某蛋白质复合物的PDB文件，想跑模拟，用Amber力场，需要做完RESP之后再用Gromacs模拟还是可以直接模拟？因为看到sob老师的文章说著名的蛋白质与核酸力场AMBER从其94版开始将RESP电荷作为了其获得原子电荷的标准方法。所以不知道该怎么样，请求老师解答。另外Amber是可极化力场么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 02:35:05

“再用Gromacs模拟还是可以直接模拟”语义不明。你不用gmx模拟还怎么直接模拟？
amber力场只有amber02是可极化力场

yogurt · 发表于 Post on 2020-6-21 10:22:08

sobereva 发表于 2020-6-21 02:35
“再用Gromacs模拟还是可以直接模拟”语义不明。你不用gmx模拟还怎么直接模拟？
amber力场只有amber02是可 ...

是我没表述清楚，我昨天看完您的博文后大体明白了。我一开始是是想问在用gromacs做模拟之前，是不是先需要用Multiwfn做拟合静电势电荷，但是看到后面发现，您说Amber力场中对氨基酸会进行拟合静电势电荷的计算，所以是不是不需要做 “在MD 模拟之前，所有抑制剂都在 HF/6-31G** 的水平下进行优化，然后在B3LYP/cc-PVTZ 水平下计算单点能量，以获得体系的静电势（ESP），并用约束的 ESP（RESP）方法拟合体系的原子电荷。(文献里看到的)”这些。我是用的是 AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)这个力场模拟蛋白质体系，是不是可以的，谢谢您。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 17:30:58

yogurt 发表于 2020-6-21 10:22
是我没表述清楚，我昨天看完您的博文后大体明白了。我一开始是是想问在用gromacs做模拟之前，是不是先需 ...

标准氨基酸的原子电荷是力场里已经直接定义的，不需要你做任何计算。只有小分子的原子电荷才是需要自己算的，因为通常都没有内置

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